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理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01387

マイクロアレイ発現解析－Thermo Fisher Scientific－ ID: J01387

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高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォームを利用したサービスです。

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サービスについて

概要

Applied BiosystemsTM GeneChipTM アレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, ClariomTM D Array, ClariomTM S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。
ClariomTM D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。ClariomTM S Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。（fig.1）

fig.1 アレイのプローブデザイン

特長

  • 高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォーム。
  • 実験～データ解析まで、経験豊かなスペシャリストによる安心のサービスとサポートのご提供。
  • 網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。

サービス内容

  • 代表的なアレイ

    3’IVT Array
    豊富な実績のあるマイクロアレイ    		 ・Human Genome U133 Plus 2.0 Array
    ・Mouse Genome 430 2.0 Array
    ・Rat Genome 230 2.0 Array
    Gene Array
    3’バイアスのない新しいプローブデザイン    		 ・Human Gene 2.0 ST Array
    ・Mouse Gene 2.0 ST Array
    ・Rat Gene 2.0 ST Array
    ClariomTM D
    トランスクリプトームレベルの解析に    		 ・ClariomTM D Array, Human
    ・ClariomTM D Array, Mouse
    ・ClariomTM D Array, Rat
    ClariomTM S
    遺伝子レベル解析専用の安価なアレイ    		 ・ClariomTM S Array, Human
    ・ClariomTM S Array, Mouse
    ・ClariomTM S Array, Rat

    ● 3’IVT ArrayとGene Arrayについてはヒト・マウス・ラットのほかショウジョウバエ、線虫、酵母、 シロイヌナズナ、イヌ、ウシ等多数の生物種に対応しています。

  • 解析結果（fig.1）
    3’IVT Array、Gene ArrayおよびClariomTM S Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。

    【ベーシック解析】
    GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
    ・スキャッタープロットの作成
    ・発現変動遺伝子（Probe）の抽出
    ・GO解析（＊）

    【オプション解析】
    GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
    ・クラスタリング解析＋ヒートマップ作成

    【Pathway Analysis（iPathwayGuide）（＊）】
    3回以上の反復実験のある比較解析データでは、Advaita Bioinformatics社のiPathwayGuideによる解析がお勧めです。
    グラフィカルかつインタラクティブな解析環境をぜひお試しください。
    詳細はPathway Analysisサービスのページをご参照ください。

    ＊ GO解析、iPathwayGuideによるパスウェイ解析は、生物種によって対応できないことがあります。

    fig.2 解析結果
    ClariomTM Dでは、生データのみを納品いたします。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console（TAC）Software（＊）を使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。
    ＊ Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientifics社より無償でインストールする事が可能です。
  • 解析例

    使用アレイ Human Genome U133 Plus 2.0 Array
    サンプル数 6（コントロール:3、比較サンプル:3）
    データ解析 GeneSpring GXによるベーシック解析
    iPathwayGuideによるパスウェイ解析
    納期 品質評価通過後、約1ヶ月

納品物

  • 解析報告書
  • データディスク：GeneChipTM Command Console SoftwareおよびExpression ConsoleTM Softwareより出力される生データファイル (.DAT、.CEL、.CHP、テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など（Excelファイル)（＊）
＊ ClariomTM Dは納品物にExcelファイルは含まれません。

サンプル条件

Total RNA量 Total RNA濃度 OD260/280 RIN値
300ng 100ng/μL以上 1.8～2.1 7以上

＊ 上記条件を満たさない場合はご相談ください。

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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