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KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J02043

Visium HD WT/3′ 空間的遺伝子発現解析 ID: J02043

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組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。

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サービスについて

概要

Visium HD WT/3’ 空間的遺伝子発現解析では組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、全トランスクリストームの遺伝子発現解析を行うことが可能です。
Visium HD WT/3’ 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5mmまたは11 x 11mmの解析領域（キャプチャーエリア）が2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現しています。（fig.1）

fig.1 Visium HD WT/3’スライドの構成

特徴

  • 組織内の細胞の位置情報を保ったまま、RNA発現解析
  • HE染色画像と遺伝子発現マップを比較検討が可能
  • HD 3’で対応生物種が拡大

解析例

SpaceRangerによる解析結果をLoupe Browser 8.0で開いたところです。
ライブラリ調製前に組織をH&E染色し、染色画像と遺伝子発現解析マップを重ね合わせることで、細胞の特徴と実際の遺伝子発現を比較できます。（fig.2）（fig.3）（fig.4）

fig.2 組織H&E染色画像（マウス脳）

fig.3 組織の遺伝子発現解析マップ（マウス脳）

fig.4 マウス脳組織Visium HDデータの解析例

解析可能なサンプル

アプリケーション Visium HD WT Visium HD 3′
生物種 ヒト・マウス・ラット Poly（A）tailを持つ生物種
サンプル FFPE/新鮮凍結切片/固定凍結切片 新鮮凍結切片のみ
解析サイズ 6.5 mm x 6.5 mm
11 mm x 11 mm		 6.5 mm x 6.5 mm
解析メカニズム 全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブを使用して組織中の発現遺伝子を検出します 3′ Poly（A）キャプチャにより、全トランスクリプトームカバレッジを検出します
ターゲット遺伝子 ヒト：18,000 遺伝子
マウス：19,000 遺伝子		 トランスクリプトーム
サンプル受け入れ条件 詳細情報ページ参照

納品物

KOTAIバイオテクノロジーズ社がシーケンスを行う場合
  • Fastqデータ
  • Space Ranger解析結果
    - Web Summary
    - cloupeファイル
    - Matrixファイル
    - csvなど
  • 画像データ
    - H&E染色画像ファイル
    - CytAssistイメージ
  • 情報シート（解析方法や使用試薬などをまとめたもの）
  • 実験情報まとめ（ライブラリの測定結果）
お客様がシーケンスをされる場合
  • ライブラリー
  • 情報シート
  • 実験情報まとめ
  • 画像データ
    - H&E染色画像ファイル
    - CytAssistイメージ

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

受託内容 サンプル 価格（税抜） 納期
Visium HD WT（6.5mm） FFPE切片/新鮮凍結切片/固定凍結切片 ￥2,550,000（2解析領域あたり） 6週間
Visium HD WT（11mm） FFPE切片/新鮮凍結切片/固定凍結切片 ￥2,900,000（2解析領域あたり） 6週間
Visium HD WT（6.5mm） FFPE切片/新鮮凍結切片/固定凍結切片 ￥3,150,000（2解析領域あたり） 6週間
Visium HD 3′（6.5mm） 新鮮凍結切片 ￥2,750,000（2解析領域あたり） 6週間

＊ Visium HD は2解析領域で1試験の実施が可能です。
　 相乗り依頼の状況により試験サンプルが揃わず納期が長くなる場合があります。

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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