概要
環境中の生菌を検出するための選択的膜透過性色素(EMA)や逆転写cDNAを用いた群集構造解析です。
EMAやRNAによる手法は、DNA群集構造解析では得られない実際の環境の生菌の群集構造をアプローチする非常に重要なツールといえます。
- お客様：検体をお送りいただきます。
- ファスマック：受領サンプルのQC作業を行い、目的に応じたライブラリ調製を行います。
- ファスマック：QCをパスしたサンプルについて、MiSeqで2×250bpランを行います。
- ファスマック：QIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します。
＊生菌微生物群集構造解析はターゲットアンプリコン解析のオプション解析として承ります。
【サンプル及びデータの保管期限】
ファスマックにお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、ファスマックログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。ファスマックでの保管期限後に「レアファクションカーブと主座標分析について納品後の解析」オプション等をご希望される場合、ファスマックから出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。
本解析はアンプリコン解析パッケージのオプションになります。以下のアンプリコン解析パッケージ価格に表の価格が追加されます。
| サービス項目 |
価格（税抜） |
納期 |
| アンプリコン解析パッケージ |
￥150,000 / 16サンプル
（￥100,000 / 8サンプル） |
15営業日（オプションなしの場合） |
【生菌解析オプション】
| オプション項目 |
価格 |
| RNAからの逆転写による アンプリコン解析 |
RNA抽出から |
＋￥35,000／サンプル |
| 逆転写PCRから |
＋￥20,000／サンプル |
| EMAによるアンプリコン解析 (EMA処理→DNA抽出→PCR) |
+￥35,000/サンプル |
＊ 上記はライブラリ調製の費用です。Miseq費用（QC／ラン／解析）が別途かかります。
