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タカラバイオ / タカラバイオ ID: J02035

シングルセル空間解析 ID: J02035

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RNAまたはタンパク質の発現プロファイルをサブセルラーレベルの高解像度で解析

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サービスについて

特長

  • CosMx SMI（NanoString Technologies社）を用いた空間マルチオミックス解析
  • 一度の解析で6,000以上のRNAまたは64以上のタンパク質を同時に検出できるハイプレックスなin situハイブリダイゼーション技術
  • サブセルラーレベルの高解像度空間解析データを取得
  • 組織中での細胞の動態や細胞間相互作用の解析に最適
  • FFPEブロックを送付いただくだけで情報解析までの全工程をサポート

サービス内容

FFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、cyclic in situ hybridization技術（＊1）により6,000以上のRNAまたは64以上のタンパク質を検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム（AtoMx Spatial Informatics Platform (SIP) ：NanoString Technologies社）で解析します。（fig.1）

fig.1 解析例
＊水色の線は推定された細胞境界を示す。
＊各色の点は検出された遺伝子またはタンパク質分子を示す。
　ピンク：MMP7、赤：KRT17、青：COL1A1、緑：FN1、黄色：IGHA1

＊1 対象のRNAまたはタンパク質（タンパク質の場合は抗体に付与したオリゴ）にハイブリダイズさせたプローブを検出する際に、「レポーターのハイブリダイズ」と「蛍光色素の遊離」を繰り返すことで、大量の分子を識別することが可能な技術。詳細は下記の解析フロー概略図をご確認ください。
＊スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
＊FFPEスライドでの受付も可能です。
＊対応生物種はヒト・マウスのみ

・解析フロー概略図（fig.2）

fig.2 解析フロー概略図

・既成パネル　＊カスタムパネルを作成することも可能

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ（解析結果、ビューアー）
【納品データ例】

AtoMx解析結果例
AtoMxの解析結果を納品します。

- 細胞アノテーション表示（fig.3）
　細胞腫などで細胞を色分けして表示します。
- 転写産物表示（fig.4）
　細胞内の分子の局在を確認できます。

fig.3 細胞アノテーション表示

fig.4 転写産物表示

タカラバイオ・オリジナルビューアー解析結果例（fig.5）
異なる細胞アノテーション情報や複数の遺伝子発現量を同時に並べて表示することが可能です。

fig.5 オリジナルビューアー解析結果例

【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。

＊クラウド納品ご選択時の注意事項
  • シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
    事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
  • 回線速度が110Mbpsの場合：500GByteのダウンロードに10時間、50Mbpsの場合：23時間が目安です。
  • シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
    エクソームシーケンスやRNA-Seq
    （シーケンスデータ量 5～6Gbase / サンプル）    		 約5GByte / サンプル
    全ゲノムシーケンス
    （シーケンスデータ量 90Gbase / サンプル）    		 約70GByte / サンプル
  • 150GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
  • ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
  • 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

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  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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