概要
「シングルセル遺伝子発現Flex解析」は、安定かつ安価に一細胞単位の遺伝子発現を調べる技術です。従来のシングルセルRNA-seq解析とは異なり、固定した組織・細胞を基に実施するため、生細胞の品質維持が実験デザイン上のネックになりません。また、マルチプレックス解析とプローブを用いたmRNA検出法により、サンプルあたりの費用を抑えつつ高感度な遺伝子発現解析が可能です。
サービス内容
【WET】シングルセルRNAシーケンス
- 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製
- Illumina社 NovaSeq6000による1.5億リード / サンプル のシーケンシング
- Cell Rangerによる発現定量
【DRY】バイオインフォマティクス解析
- 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot））
- サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、GO（Gene Ontology）解析、Reactomeパスウェイ解析）
- 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）
