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KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J01933

空間トランスクリプトーム解析　Xenium In Situ ID: J01933

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Xenium In Situ はFFPE切片または新鮮凍結切片に対して空間的トランスクリプトーム解析を行うことが可能です。

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サービスについて

Xenium in SituはKOTAIバイオ社で受託準備中のサービスです。詳細な情報をご希望の場合はお問い合わせください。

空間トランスクリプトーム解析 Xenium In Situの特徴

  • Xeniumは高い感度と特異性を有するプローブを用いてIn Situ Hybridizationを行い、数百種ものターゲットRNAの発現を1細胞レベルの解像度で直接検出します。
  • イメージング可能領域は12mm x 24mm、領域内に一個の大きいサンプルまたは複数の小さいサンプルを貼りつけて解析することができます。
  • Xeniumで解析後の組織切片を用いて、H&E染色やVisiumによる空間的遺伝子発現解析を実行することも可能です。

検出方法の概要

Padlock probeと呼ばれるターゲットとなる遺伝子に相補的な配列を両端に持つプローブを使用することで、ターゲットの遺伝子に正しくハイブリダイゼーションしたプローブだけがプローブ両端のライゲーションによりサークルを形成します。
サークル状になったプローブに対してローリングサイクル増幅反応をかけることで蛍光物質の結合サイトを多数持つ長鎖DNAが生成されます。
結合サイトに蛍光物質のついたプローブをハイブリダイズします。
Xenium Analyzer で蛍光を解析し、ターゲット遺伝子の発現を高い感度と特異性で検出することが出来ます。

fig.1 検出方法

サンプル調製のフロー

10x Genomic社のXenium In Situ Gene Expression Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調製します。

fig.2 サンプル調製のフロー

プローブセットについて

Xenium In Situでは事前に検証された遺伝子パネルセットを使用することが出来ます。
設計済みパネルに無い遺伝子等を目的とする場合にはカスタムパネルを設計することも可能です。
設計済みパネルと主なターゲットは以下の通りです。
ターゲット パネル数
ヒト 乳腺：乳腺細胞、上皮細胞、脂肪細胞、腫瘍など 280遺伝子
脳：アストロサイト、ミクログリア、膠芽腫、アルツハイマー病、パーキンソン病など 266遺伝子
肺：I型＆II型肺胞上皮細胞、線毛細胞、内皮細胞、COVID-19など 289遺伝子
マルチ組織：乳房、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、膵臓などの遺伝子マーカー 377遺伝子
マウス 脳：アストロサイト、インターニューロン、ミクログリア、オリゴデンドロサイトなど 247遺伝子
組織アトラス：膀胱、骨髄、脳、心臓、腎臓、四肢筋、肺、膵臓、胸腺などの遺伝子マーカー 379遺伝子

＊10X Genomics社のHPから各パネルの遺伝子リストをダウンロードすることが出来ます。
＊お客様の興味ある遺伝子が含まれているか十分に確認し、必要に応じてカスタムプローブの追加(各パネルに最大100種類のプローブを追加することが可能です)をご検討ください。
＊カスタムプローブのデザインから受け取りまでには3ヶ月程度の時間がかかるため、お急ぎの場合にはお気をつけください。

サンプル受入条件

OCT包埋された新鮮凍結切片 FFPE切片
専用の Xenium slide の表側に切片を貼り付けていること
Fiducial(解析エリアの外側にある＋マーク)に切片が重なっていないこと
10μm厚 5μm厚
事前に別途切片を作製しHE染色・イメージングし、崩れがないことを確認していること
＊事前確認は通常のスライドガラスに貼り付けて実施してください

ご注文に関して

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期（おおよそ）
空間トランスクリプトーム解析　Xenium In Situ お問い合わせ 6週間

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