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KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J01933

空間トランスクリプトーム解析　Xenium In Situ ID: J01933

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Xenium In Situ はFFPE切片または新鮮凍結切片に対して空間的トランスクリプトーム解析を行うことが可能です。

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サービスについて

概要

Xenium In Situ はFFPE切片または新鮮凍結切片に対して空間的トランスクリプトーム解析を行います。
Padlock probeと呼ばれるターゲットとなる遺伝子に相補的な配列を両端に持つプローブ（①②)を使用することで、ターゲットの遺伝子に正しくハイブリダイゼーションしたプローブだけがプローブ両端のライゲーション（③）によりサークルを形成します。
サークル状になったプローブに対してローリングサイクル増幅反応をかけることで蛍光物質の結合サイト（④）を多数持つ長鎖DNAが生成されます。（fig.1）

fig.1 検出方法

fig.2 Xenium Analyzer
結合サイトに蛍光物質のついたプローブをハイブリダイズします。Xenium Analyzer で蛍光を解析し、ターゲット遺伝子の発現を高い感度と特異性で検出することが出来ます。（fig.2）
＊ ご要望に応じて、切片作製や、カスタムプローブ作製支援も行います（料金別途）。

特長

  • Xeniumで解析後の組織切片を用いて、H&E染色やVisiumによる空間的遺伝子発現解析を実行することも可能です。
  • 空間解像度：XY方向は30 nm未満、Z方向は100 nm未満（転写物の局在精度）
  • 検出遺伝子数：
    Xenium v1：最大480遺伝子＋100カスタマイズ Xenium Prime 5K：5,000遺伝子＋100カスタマイズ

解析例（fig.3）（fig.4）


fig.3 10xGenomics:Xenium_Human Pancreas cancer データ例

fig.4 Xenium Explorer操作画面例

プローブセットについて

Xenium In Situでは事前に検証された遺伝子パネルセットを使用することが出来ます。
設計済みパネルに無い遺伝子等を目的とする場合にはカスタムパネルを設計することも可能です。
設計済みパネルと主なターゲットについては 詳細情報ページをご確認ください。

解析可能なサンプル

サンプル 新鮮凍結OTC包埋サンプル
ホルマリン固定パラフィン包埋サンプル
動物種 ヒトまたはマウス（カスタムの場合は全生物種（＊））
解析メカニズム 数百～最大5千遺伝子をターゲットとするトランスクリプトームパネルを使用して組織中の発現遺伝子を検出する
サンプル受け入れ条件 詳細情報ページ参照

＊ ヒトまたはマウス以外の場合は事前にご相談ください

納品物

  • Xenium Analyzer 出力データ
    - analysis_summary
    - Xeniumファイル など
  • 情報シート（解析方法や使用試薬などをまとめたもの）
  • （H&E染色を委託した場合）画像データ
    - H&E染色画像ファイル

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

受託内容 価格（税抜） 納期
Xenium v1（スライド2枚分。パネル費用除く） ￥1,800,000 6週間
パネル費用（Xenium v1、スライド2枚分） ￥74,000～ お問い合わせ
Xenium Prime 5K（スライド2枚分。パネル費用込み） ￥4,480,000 6週間
オプション 価格（税抜） おおよその納期
HE染色オプション
Xenium解析実施後に同じスライドガラスを使用してHE染色を実施します。染色像はXenium Explore を使用してXenium解析の結果と重ね合わせることができます。		 ￥5,000/スライド
Multimodal Cell Segmentationオプション
（Xenium v1専用。Prime 5Kでは標準）
細胞膜や細胞質を染色する試薬キットを追加で使用することにより、より正確に細胞境界を決定することが可能になります。詳しくは詳細情報ページをご確認ください。		 ￥398,000
Xenium v1 追加カスタムパネル
1〜50遺伝子（4反応または16反応）
51〜100遺伝子（4反応または16反応）		 ￥781,000～ 2ヶ月程度
Xenium Prime 5K 追加カスタムパネル
1〜50遺伝子（12反応）
51〜100遺伝子（12反応）		 ￥860,000～ 2ヶ月程度
アドバンスドパネル設計費用
（フルカスタムパネル最大480遺伝子）		 ￥322,000～ 6週間程度
カスタムパネル設計オプション
カスタムパネルの設計方法が分からない場合にお客様とコミュニケーションを取りながら設計を代行します。		 お問い合わせ

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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