概要
PacBio社のロングリードシークエンシングと、バイオインフォマティクス解析によるエラー修正を組み合わせることにより、微生物叢試料（土壌、糞便など）からエラーのない完全長16S rRNA遺伝子のシークエンシングを実施し、迅速に解析結果を納品する受託サービスです。
＊ Zymo Research社はPacBio社の認証サービスプロバイダーです。
＊ ショートリードタイプの次世代シークエンサーを用いた微生物叢のメタゲノム解析受託サービスについては、
Microbiomics Serviceをご覧下さい。
特長
- 微生物叢（Microbiome、マイクロバイオーム）標準品および、試料の前処理・保存、核酸精製、NGSライブラリーの構築の各ステップにZymoBIOMICSシリーズの高品質かつ検証済みの微生物叢研究用試薬を用いることで、バイアスや外来性DNAの混入がなく、信頼性の高い試料調製を行えます。
- 調製した試料をロングリードでシークエンシング解読後、最先端のバイオインフォマティクスで解析します。
- 論文に使用可能なデータ形式で、解析結果を納品いたします。
- 納品するレポートは、プロジェクトまたはアプリケーションに応じて完全にカスタマイズが可能です。
種レベルでの分類が可能
PacBio社のHiFiシークエンシングとZymo Research社のバイオインフォマティクス解析技術を使用して、完全長16S rRNA遺伝子を解析します。
バイアスなしでの試料調製
Microbial Standardsを使用した厳格な品質管理による標準化された手順により、正確で信頼性の高いデータが得られます。
迅速な納期
完全長16Sシークエンシングの解析結果は、試料の受領後、最短で3週間で納品されます。
サービス内容
| シークエンシングのプラットホーム |
PacBio社Sequel Ⅱe |
| シークエンシングの方式 |
SMRT Cell 8M |
| 標的アンプリコン |
27f（AGRGTTYGATYMTGGCTCAG）と1492r（RGYTACCTTGTTACGACTT）により増幅した完全長16S rRNA遺伝子 |
| お送りいただく試料 |
ゲノムDNA抽出物、または生体 / 環境試料 |
DNA抽出方法
（Zymo Research社で抽出する場合） |
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA / RNA Kit
ZymoBIOMICS DNA Miniprep |
| ライブラリー調製方法 |
PacBio社の推奨プロトコルを遵守 |
| 品質管理 |
ポジティブコントロールとして、ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300：DNA抽出時）および ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard（#D6305：ライブラリー調製時）を品質管理に使用し、解析結果を最終プロジェクトレポートで報告します。また、ご要望に応じてDNA抽出時およびqPCR時にネガティブコントロールを用いてリアルタイムPCRでモニタリングを行うこともできます。 |
| シークエンシング解析 |
DADA2を使用したアンプリコン配列バリアント（ASV：Amplicon Sequence Variant）ベースの分析を使用して、データの精度と解像度を向上させます。 |
| 参照データベース |
独自に収集したデータベースを使用。
＊一般に公開されているデータベース（Greengenes、UNITEなど）には、多数のエラー、一貫性のないアノテーション、質の低い配列が含まれているため。 |
| データの視覚化 |
- Absolute abundance boxplot
- taxa abundance barplot
- taxa abundance heatmap
- ASV abundance heatmap
- α diversity boxplot
- rarefaction curves
- β diversity 3D Emperor plot
- Taxa2ASV decomposer
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| 統計データベース |
LEfSe分析により、既知試料のグループ間において分布が異なる分類群 / 形質を明らかにします。 |
【Zymo Research社の微生物叢プロファイリングのワークフロー】
- 試料の採取
- 高分子量DNAの抽出および品質管理
- 完全長16S / rRNA遺伝子の増幅
- SMARTbellライブラリーの構築および品質管理
- PacBio Sequel Ⅱシークエンシング
- データ解析および方向
適用分野
以下の試料および研究分野における完全長16Sシークエンシングに有用です。
・糞便
・土壌
・女性の健康
・口腔
・環境
