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ZYMO RESEARCH / フナコシ ID: J02046

完全長16Sシークエンシング受託サービス ID: J02046

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細菌株の分類学的解析を種レベルで行えます！

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サービスについて

概要

PacBio社のロングリードシークエンシングと、バイオインフォマティクス解析によるエラー修正を組み合わせることにより、微生物叢試料（土壌、糞便など）からエラーのない完全長16S rRNA遺伝子のシークエンシングを実施し、迅速に解析結果を納品する受託サービスです。
＊ Zymo Research社はPacBio社の認証サービスプロバイダーです。
＊ ショートリードタイプの次世代シークエンサーを用いた微生物叢のメタゲノム解析受託サービスについては、Microbiomics Serviceをご覧下さい。

特長

  • 微生物叢（Microbiome、マイクロバイオーム）標準品および、試料の前処理・保存、核酸精製、NGSライブラリーの構築の各ステップにZymoBIOMICSシリーズの高品質かつ検証済みの微生物叢研究用試薬を用いることで、バイアスや外来性DNAの混入がなく、信頼性の高い試料調製を行えます。
  • 調製した試料をロングリードでシークエンシング解読後、最先端のバイオインフォマティクスで解析します。
  • 論文に使用可能なデータ形式で、解析結果を納品いたします。
  • 納品するレポートは、プロジェクトまたはアプリケーションに応じて完全にカスタマイズが可能です。
種レベルでの分類が可能
PacBio社のHiFiシークエンシングとZymo Research社のバイオインフォマティクス解析技術を使用して、完全長16S rRNA遺伝子を解析します。

バイアスなしでの試料調製
Microbial Standardsを使用した厳格な品質管理による標準化された手順により、正確で信頼性の高いデータが得られます。

迅速な納期
完全長16Sシークエンシングの解析結果は、試料の受領後、最短で3週間で納品されます。

サービス内容

シークエンシングのプラットホーム PacBio社Sequel Ⅱe
シークエンシングの方式 SMRT Cell 8M
標的アンプリコン 27f（AGRGTTYGATYMTGGCTCAG）と1492r（RGYTACCTTGTTACGACTT）により増幅した完全長16S rRNA遺伝子
お送りいただく試料 ゲノムDNA抽出物、または生体 / 環境試料
DNA抽出方法
（Zymo Research社で抽出する場合）		 ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA / RNA Kit
ZymoBIOMICS DNA Miniprep
ライブラリー調製方法 PacBio社の推奨プロトコルを遵守
品質管理 ポジティブコントロールとして、ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300：DNA抽出時）および ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard（#D6305：ライブラリー調製時）を品質管理に使用し、解析結果を最終プロジェクトレポートで報告します。また、ご要望に応じてDNA抽出時およびqPCR時にネガティブコントロールを用いてリアルタイムPCRでモニタリングを行うこともできます。
シークエンシング解析 DADA2を使用したアンプリコン配列バリアント（ASV：Amplicon Sequence Variant）ベースの分析を使用して、データの精度と解像度を向上させます。
参照データベース 独自に収集したデータベースを使用。
＊一般に公開されているデータベース（Greengenes、UNITEなど）には、多数のエラー、一貫性のないアノテーション、質の低い配列が含まれているため。
データの視覚化
  • Absolute abundance boxplot
  • taxa abundance barplot
  • taxa abundance heatmap
  • ASV abundance heatmap
  • α diversity boxplot
  • rarefaction curves
  • β diversity 3D Emperor plot
  • Taxa2ASV decomposer
統計データベース LEfSe分析により、既知試料のグループ間において分布が異なる分類群 / 形質を明らかにします。

【Zymo Research社の微生物叢プロファイリングのワークフロー】
  1. 試料の採取
  2. 高分子量DNAの抽出および品質管理
  3. 完全長16S / rRNA遺伝子の増幅
  4. SMARTbellライブラリーの構築および品質管理
  5. PacBio Sequel Ⅱeシークエンシング
  6. データ解析および報告

適用分野

以下の試料および研究分野における完全長16Sシークエンシングに有用です。
・糞便
・土壌
・女性の健康
・口腔
・環境

納品されるレポートの例

完全長16S rRNAシークエンスサービスのレポートは、微生物組成プロット（棒グラフ）、微生物存在度ヒートマップ、α多様性およびβ多様性プロット、およびLEfSeとの統計的グループ比較を納品いたします。
サンプルレポートについてはこちらをご覧ください。

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
完全長16Sシークエンシング受託サービス お問い合わせ 最短3週間

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
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