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マクロジェン・ジャパン / コスモ・バイオ ID: J00519

ChIPシーケンシング ID: J00519

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NGSを利用してメカニズムを効果的に解析

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サービスについて

概要

遺伝子の転写過程における後成的な調整メカニズムは、DNAメチル化やヒストン修飾が最もよく知られています。NGSを利用することで、そのメカニズムをより効果的に解析できます。

シーケンシングプラットフォーム

  • HiSeq / MiSeq system （Single, Paired-end）

データ解析（＊）

  • Methylation / MBD （Methyl-CpG Binding Domain） data analysis（fig.1）
    ・Standard data analysis
    　- Global Methylation Profiles
    　- Specific Methylation Profiles
    　- Differentially Methylation Regions （DMR）
    ・Advanced data analysis
    　- DMR-Associated Genes
    　- Gene Set Analysis
    　- Comparative Analysis
  • ChIP（Chromatin Immuno Precipitation）data analysis（fig.2）
    ・Standard data analysis
    　- Enrichment Peak Profiles and Gene Annotation
    　- Differentially Enriched Peaks and Gene Annotation
    　- Multiple Alignment and Consensus Motif
    ・Advanced data analysis
    　- Gene Set Analysis
    　- Comparative Analysis
　＊ Data Analysis may be varified by the availability of reference and the type of platform.

fig.1 Technology pipeline for MBD（Methyl-CpG binding domain）sequencing

fig.2 Technology pipeline for ChIP sequencing

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 ChIP Sequencing
対象生物 リファレンスのある生物のみ
使用機種 HiSeq 2500 NovaSeq 6000
リード数 220～250 M リード 26 Mリード (paired-end なので実質は 13 M リード)
リード長 50bp 150bp
シーケンス方法 Single End 1レーンに4～8サンプル Paired-End
必要サンプル量 IPしたDNA（精製したDNA断片）の濃度は10ng/μL以上で10μL以上必要です。
sizeは500bp以下で300bp程度が適しています。
ご提供いただくサンプルについては、インフォームド・コンセントが取得されており、かつドナーの個人情報が特定できないように匿名化されたものである必要がございます。
データ解析 ピーク解析
価格（税抜） ライブラリ作製：￥42,000/サンプル
シーケンス：￥210,000/1レーン
データ解析：￥45,000		 ライブラリ作製：￥42,000/サンプル
シーケンス：￥16,000/サンプル
データ解析：￥45,000/サンプル
納期（QC合格後） シーケンス：6～8週間
データ解析：1～2週間
納品物
  1. シーケンシング結果（fastqフォーマットファイル）
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果
  3. ピークの検出およびアノテーション結果

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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