レリクサ / レリクサ ID: J01573

RNA-seq/特殊RNA-seq受託解析サービス ID: J01573

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シーケンスは低価格に、多様なバイオインフォマティクスニーズにもお応えします。
臨床検体・特殊なサンプルにも柔軟に対応します。

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カテゴリ

サービスについて

概要

次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現の網羅解析を実施します。
微量サンプルやFFPE由来サンプル、グロビン除去が必要となる全血由来サンプルにも対応いたします。

特長

丁寧なビフォア・アフターサポート
15名以上のPh.D.が在籍しており、技術サポート体制に力を入れています。
リーズナブルで高品質なシーケンス
複数の国内外シーケンスプロバイダーと提携し、低価格・高品質を実現します。
目的に応じたカスタムメイド解析
基本解析からオーダーメイドの高次解析・統合解析まで幅広く対応します。
付帯費用ナシ
データ転送費などの付帯費用は全てサービス価格に含まれています。

メニュー

メニュー	サンプル	(標準) データ量リード数	サンプル推奨要件ライブラリー調製試薬	納期
真核生物 RNA-seq （Poly-A選択法、Stranded）	total RNA	4Gb(150PE) 26.7M total reads	[要件] 総量1μg以上、液量20μL以上、濃度50ng以上	検体到着~QC~納品まで 4-7週間
真核生物 RNA-seq （rRNA除去法、Stranded）	total RNA	6Gb(150PE) 40.0M total reads	[要件] 総量1μg以上、液量20μL以上、濃度50ng以上	検体到着~QC~納品まで 5-7週間
真核生物 RNA-seq （微量サンプルプラン）	total RNA	4Gb(150PE) 26.7M total reads	[要件] 液量１0μL以上、濃度 = 0.2~200ng/μL ＊検出可能範囲に満たない場合でもご相談ください	検体到着~QC~納品まで 6-8週間
ヒト RNA-seq （FFPEサンプルプラン、Stranded）	total RNA (FFPE由来など分解が激しいサンプル)	12Gb(150PE) 80.0M total reads	[要件] 総量300ng以上、液量20μL以上、濃度10ng以上 DV200値 70以上（200nt以上の断片の割合が70%以上）	検体到着~QC~納品まで 5-7週間
ヒト RNA-seq （グロビン除去あり、Stranded）	total RNA (全血由来)	4Gb(150PE) 26.7M total reads	[要件] 総量1μg以上、液量20μL以上、濃度50ng以上	検体到着~QC~納品まで 5-7週間
原核生物 RNA-seq （rRNA除去法、Stranded）	total RNA	1Gb(150PE) 6.7M total reads	[要件] 総量2μg以上、液量20μL以上、濃度50ng以上	検体到着~QC~納品まで 5-7週間

サービスプラン

生データプラン
シーケンスにより取得したfastqデータ（生データ）のみを納品するプランです。
ベーシック解析プラン
基本解析を実施するプランです。種々の描画により、個別サンプル間のばらつきをスピーディに俯瞰頂けます。
スタンダード解析プラン
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。
オーダーメイド解析プラン
ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。
解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。
＊オーダーメイド解析プランについてはプロジェクトの混雑状況によりお受けできない場合があります。ご了承ください。

スタンダード解析例

DEG解析
弊社のDifferentially Expressed Gene解析（＝DEG解析,発現変動遺伝子解析）では､2群間において有意に発現変動している遺伝子を抽出し､変動値とそのp値, q値を算出します。また､得られた結果を用いてヒートマップ, 動的なMA plot, Volcano plotを描画し､遺伝子発現変動の全体像やその統計的な優位性を様々な角度から俯瞰的に掴みます。
GO解析
Gene Ontologyエンリッチメント解析では、2群間において有意に発現変動している遺伝子群において特定の機能が濃縮(enrich)されている、あるいは希薄 (purified)であるかを統計的に評価します。解析結果は棒グラフだけでなく、Bubble plotにより発現上昇／発現減少遺伝子群両方で検出されたGO termについても､上昇と減少のどちらに偏りがあるかを確認できます。これらのグラフを統合して解釈することで、検出された機能の関係性や関与する遺伝子の発現傾向まで視覚的に捉えることができます。弊社ではGO解析用の種々Webサービスでは解析ができない生物種の場合も幅広く対応が可能です。
＊実施する上でDEG解析が必要となります。
IPA解析（スタンダード解析）
IPA (Ingenuity^® Pathway Analysis) は特定遺伝子群に対して既知のパスウェイ・上流因子・毒性 / 疾患との関連を探索するためのソフトウェアです。Ph.D.エキスパートが精査した論文の知見をベースに、データに関わる化合物・疾病・毒性・生物学的機能・パスウェイを検索し、働きや関わる分子を可視化します。弊社は日本国内で唯一のIPA受託解析サービスプロバイダーです。年間のライセンスは不要、というお客様向けに1解析から承ります。ご納品後は、必要に応じてIPAの利用方法までサポートいたします。

解析例（fig.1）～（fig.6）

グラフ化ツール「RIAS Visualization」（fig.7）

RIAS^® Visualization は、次世代シーケンスデータをはじめとする網羅生命科学データを自在にグラフ化し、その生物学的意義の理解を円滑にすることを目的としています。
各種グラフについて、特定の遺伝子や外れ値を除いたデータ等、お客様のご希望と目的に即したグラフを再作成できます。

ベーシック解析プラン以上をご依頼の場合、グラフ作成ツール「RIAS(ライアス) Visualization」を120日間ご利用いただけます。
本ツールは、以下のように活用いただけます。

発現量の閾値を変えて、グラフを再作成する
外れ値となるサンプルや不要な遺伝子を除いて、グラフを再作成する
特定の遺伝子に注目してグラフを作成し、発現変動の有意性を評価する
特定の生物学的機能に関わる遺伝子のみのヒートマップを作成する

fig.7 グラフ化ツール

サービスの流れ（fig.7）

fig.8 サービスの流れ

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目	価格（税抜）
真核生物 RNA-seq （Poly-A選択法、Stranded）	お問い合わせ
真核生物 RNA-seq （rRNA除去法、Stranded）
真核生物 RNA-seq （微量サンプルプラン）
ヒト RNA-seq （FFPEサンプルプラン、Stranded）
ヒト RNA-seq （グロビン除去あり、Stranded）
原核生物 RNA-seq （rRNA除去法、Stranded）
バイオインフォマティクス解析

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