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ロングリードRNA-Seq解析(Iso-Seq) ID: J01746

サービスについて

特長

  • ロングリードシーケンサーによるRNA-Seq解析
  • 新規アイソフォームの配列取得、アイソフォームごとの発現解析が可能

概要

PacBioロングリードシーケンサー(パシフィックバイオサイエンス社)を用いて、遺伝子配列の取得を行います。ショートリードのシーケンスでは難しかったアイソフォームの配列決定、アイソフォームごとの遺伝子発現解析にご利用いただけます。

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、ライブラリー作製後、PacBioロングリードシーケンサーを用いてシーケンス解析を行います。得られたシーケンスデータを参照配列に対してマッピングすることで、アイソフォームごとの発現量解析や、新規アイソフォームの検出を行います。

作業の流れ(fig.1
【オプションサービス】
細胞・組織からのRNA調製

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式(マッピング結果ファイル、発現情報・アノテーション結果ファイル)(fig.2)(fig.3

受入サンプル

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA(*1) 1μg以上 100ng/μL以上 10μL以上 1.6以上
    組織・細胞(オプション) お問い合わせ(*2)

    *1 polyA+ RNAが無い原核生物の解析は別途ご相談ください。
    *2 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      - ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。
      この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
      - お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、
      業務終了後3ヶ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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