環境DNAを解析することで、そこに生息する生物の種類やおおよその生物量の把握が可能です。
| 種特異的検出 | ・特定の生物種がいるかを知りたい。 → Real time PCR ・特定の生物種のDNA量をはかりたい。 → 定量PCR（qPCR、デジタルPCR） |
プライマー・プローブの設計 ・対象種のDNAのみを増幅させるプライマーを設計します ・定量PCRの場合はプローブも設計します ＊ ポジティブコントロールとして肉片もしくは確実に生息していた水サンプルを入手できることが望ましいです |
|---|---|---|
| 網羅的検出 | ・調査地点の生物の種組成を知りたい。 → メタバーコーディング ・複数地点で多種の量的な比較がしたい。 → 定量メタバーコーデイング (Tourlousse et al.2017, Ushio et al.2018) |
低労力かつ短時間にその地点の生物の種構成を把握可能。 魚類 ：MiFish-U, U2, E（＊1）（＊2） 哺乳類：MiMammal 両生類：Amph16S 甲殻類：MiDeca 鳥類 ：MiBird 昆虫 ：MtInsects 細菌 ：16S rRNA遺伝子（V3-V4領域またはV4領域のみ） 既知濃度の合成DNAをサンプルに混ぜ合わせる事で、同時に多種の定量が可能＆PCR阻害も考慮した評価が可能。 ＊1 Ev2, U2はUでは増幅されにくい分類群のDNAを増幅させるプライマー ＊2 Ev2, U2以外の追加プライマーでの対応も可能です |
| 遺伝的多様性の検出 | ・同種内の遺伝子の多様性を解読したい。 → Miseqによる塩基配列決定 → DADA2によるデノイス (Callahan et al.2016) |
捕獲を伴う調査により明らかにされてきた種の多様性に加えて、目視で判別できない遺伝的多様性（ハプロタイプ）を環境DNAから把握可能。 （過去の適用研究） ・Sigsgaard et al. 2018 : イルカの遺伝的多様性 ・Parsons et al.2018：ネズミイルカの遺伝的多様性 ・Tsuji et al.2019：アユの遺伝的多様性 |
一つのサンプルで複数の検出方法・検出種を組み合わせることも可能です。
| 対象生物 | |
|---|---|
| Fish | 魚類 |
| Hynobius Andrias Onychodactylus |
サンショウウオ属 オオサンショウウオ属 ハコネサンショウウオ属 |
| Frog | カエル類 |
| Mammal | 哺乳類 |
| Avian | 鳥類 |
| Algae | 藻類 |
| Eukaryota | 真核生物 |
| Bacteria | 細菌叢 |
| Prokaryota | 原核生物 |
| Ammonia oxidizing bacteria | アンモニア酸化細菌 |
| Water invertebrate Insecta |
水生昆虫 |
| Decapoda | 甲殻類 |
| 対象生物 | |
|---|---|
| Liobagrus reini | アカザ |
| Cynops pyrrhogaster | アカハライモリ |
| Plecoglossus altivelis | アユ |
| Mauremys japonica | イシガメ |
| Acheilognathus longipinnis | イタセンパラ |
| Parahucho perryi | イトウ (核DNA) |
| Parahucho perryi | イトウ (ミトコンドリアDNA) |
| Salvelinus sp. | イワナ属 |
| Lithobates catesbeianus | ウシガエル |
| Micropterus salmoides salmoides | オオクチバス |
| Andrias japonicus | オオサンショウオ |
| Engraulis japonicus | カタクチイワシ |
| Chimarrogale platycephalus | カワネズミ |
| Limnoperna fortunei | カワヒバリガイ |
| Oryzias sakaizumii | キタノメダカ |
| Cyprinus carpio | コイ |
| Micropterus dolomieu | コクチバス |
| Oncorhynchus masou (masou, isikawae) | サクラマス・サツキマス |
| Oncorhynchus keta | シロサケ |
| Anguilla japonica | ニホンウナギ |
| Cambaroides japonicus | ニホンザリガニ |
| Hynobius hidamontanus | ハクバサンショウウオ |
| Onychodactylus japonicus | ハコネサンショウウオ |
| Opsariichthys uncirostris | ハス |
| Actinobacteria | 放線菌 |
| Lefua echigonia | ホトケドジョウ |
| Acheilognathus tabira jordani | ミナミアカヒレタビラ (富山) |
| Oryzias latipes | ミナミメダカ |
| 対象生物 | |
|---|---|
| Plecoglossus altivelis altivelis | アユ |
| Salvelinus | イワナ |
| 対象生物 | |
|---|---|
| Mustela sp. | イタチ (ニホンイタチ ⇔ チョウセンイタチ) |
| Lethenteron sp. | スナヤツメ (南方種 ⇔ 北方種) |
| Rana sp. | タゴガエル (ネバタゴガエル ⇔タゴガエル) |
| Martes sp. | テン (テン ⇔ クロテン) |
| Misgurnus sp. | ドジョウ (キタドジョウ ⇔ ドジョウ) |
| - | 哺乳類の糞便のホスト種 |
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| 環境DNA解析 | お問い合わせ | お問い合わせ |
＊ 網羅的解析は1ヶ月、種特異解析は2週間を目途に納品しております。状況によって変動しますのでご相談ください。
＊ 定量分析を実施する場合には、追加費用が必要です。
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