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KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J02044

Visium CytAssist 空間的遺伝子発現 ID: J02044

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組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。

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サービスについて

概要

Visium CytAssist空間的遺伝子発現解析では組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。
6.5 mm x 6.5 mmの区画内に載せた組織から、4,992スポットの細胞を解析できます。
11 mm x 11 mmの区画内に載せた組織から、14,336スポットの細胞を解析できます。
1スポットで平均1～10個の細胞を捕捉し、1スポットに1種類のバーコードを付与して位置情報を保ったままmRNA解析が可能です。1スポット当たり直径55µmの解像度で、スポットの中央点は100µmの間隔で位置しています。（fig.1）

fig.1 Visium CytAssistスライドの構成

特徴

  • 組織内の細胞の位置情報を保ったまま、RNA発現解析
  • HE染色画像と、遺伝子発現マップを比較検討

解析例

ライブラリ調製前に組織をH&E染色し、染色画像と遺伝子発現解析マップを重ね合わせることで、細胞の特徴と実際の遺伝子発現を比較できます。（fig.2）（fig.3）

fig.2 Visium CytAssist for FFPE解析例（マウス大脳）

fig.3 Clustering

解析可能なサンプル

アプリケーション Visium CytAssist
サンプル FF, FFPE, FxF（＊1）
動物種 ヒトまたはマウス
解析メカニズム 全トランスクリプトームパネル（各標的遺伝子に対するプローブ）を使用して組織中の発現遺伝子を検出します。
サンプル受け入れ条件 詳細情報ページ参照

＊1 FF: Fresh Frozon（新鮮凍結）
　　FFPE: Formalin Fixed Paraffin Embedded（ホルマリン固定パラフィン包埋）
　　FxF：Fixed Frozen（固定凍結）

納品物

KOTAIバイオテクノロジーズ社がシーケンスを行う場合
  • Fastqデータ
  • Space Ranger解析結果
    - Web Summary
    - cloupeファイル
    - Matrixファイル
    - csvなど
  • 画像データ
    - H&E染色画像ファイル
    - CytAssistイメージ
  • 情報シート（解析方法や使用試薬などをまとめたもの）
  • 実験情報まとめ（ライブラリの測定結果）
お客様がシーケンスをされる場合
  • ライブラリー
  • 情報シート
  • 実験情報まとめ
  • 画像データ
    - H&E染色画像ファイル
    - CytAssistイメージ

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

受託内容 サンプル 価格（税抜） 納期
Visium CytAssist 6.5mm/11mm（マウス/ヒト） FF・FFPE・FxF切片 お問い合わせ 6週間

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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