de novoトランスクリプトーム解析
【de novoトランスクリプトーム解析 NovaSeq 6000 バリュープライス】
遺伝子配列リソースを利用できない生物種において、mRNA-Seq解析を行ってde novoアセンブルを行って遺伝子配列を構築します。
- mRNA精製：ポリA精製 or rRNA枯渇
- Strand specific ライブラリ調製
- バイオインフォマティクス解析：de novoアセンブル、（オプション）構築した遺伝子配列をリファレンスにして遺伝子発現量解析も対応可能です。
サービス内容
- 受領したRNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
- 目的に応じたRNAの精製を行います。
ポリA精製 （＊1） もしくは、rRNA枯渇処理 （＊2）
- 精製したRNAの断片化を行います。
- ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
- アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
- 調製したライブラリーをシーケンシングします。
- 取得した配列をアセンブルして遺伝子配列を構築します。
- （オプション解析）構築した遺伝子配列をリファレンスとして遺伝子発現量の定量解析を行います。
＊ 上記以外の解析をご希望の場合は別途ご相談対応となります。
＊1 mRNA-Seqライブラリ調製： ポリA精製
真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNAをサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNAをcDNA化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq （Strand Specific）ライブラリを調製します。（
fig.2）
＊2 mRNA-Seqライブラリ： 細菌の場合
rRNA枯渇処理 （通常はIllumina RiboZeroを使用）
原核生物（細菌）の場合、mRNAは原則として ポリA構造を持たないため、これを用いたmRNA精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによるrRNA枯渇処理を行ってから、cDNA化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際のrRNA枯渇の程度については、ユーロフィンジェノミクスでで保証することはできません。
ヒト・マウス・ラットのtotal RNAサンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。
