概要
公益財団法人かずさDNA研究所と株式会社アンプラットが共同で開発したシステムで、Plant GARDENに掲載されている植物ゲノムについて、お⼿持ちのfastqファイルをアップロードするだけで、QC→マッピング→変異検出を極めて低コストに実施可能。サポートは株式会社アンプラットと公益財団法人かずさDNA研究所が共同で対応するため、植物ゲノムに特化した質問からシステムに関する質問まで、ほぼ全域で対応可能。⾃⾝でパイプラインを組みたくないが受託解析に出すほどではない解析をしたい方、植物ゲノム解析の専⾨家と意⾒を交わしながら研究を進めたい⽅におすすめ。
特長
- アンプラットとかずさDNA研究所が共同で運営する植物ゲノム解析プラットフォーム「GARDEN Cloud」を利⽤した1Runごとの従量課⾦制解析サービス
- 植物ゲノムデータリソース「Plant GARDEN」とリンクした解析が可能
- ブラウザでマウスクリックがメインの簡単操作による解析実施
- 受託解析のような解析レポートが付かないものの、解析やその解釈等について、チャットサポートを受けることが可能。
サービス内容
- データ解析プラットフォームANCATへのユーザー登録無料
ユーザー登録時に、懇意にしている代理店を選択可能です。代理店を選択後、システム上で代理店への請求許可が降りたのちに代理店を介した請求書払いが可能です。
- GARDEN Cloudへのアクセス
ユーザー登録後、かずさDNA研究所が共同運営するGARDEN Cloudにアクセス可能です。個別規約を確認して同意することで植物ゲノム専⽤リシーケンスパイプライン画面へアクセス可能です。
- SNP Workflowを実⾏
植物ゲノム専⽤リシーケンスパイプライン「SNP Workflow」を選択、実⾏します。⼿持ちのfastqをアップロードし、「Plant GARDEN」に掲載されているリファレンスゲノムを対象に、以下の解析を実行します。
1.cutadaptによるクオリティコントロール（スキップ可能）オプションでQCのカットオフ値およびトリム対象のアダプターの指定が可能です。
2.bwaによるマッピング
3.gatkによるSNP検出を⾏うワークフロー。Plant GARDENに登録されているゲノムをリファレンスとして変異解析が可能。
＊ Bamファイルが必要な場合はwith Bam オプションをTrueにしてください。
