概要
がん細胞や免疫細胞などの不均一な細胞集団の解析に重要であることから、シングルセル / 核解析はいまや遺伝子解析技術の中でもスタンダードの一つになりつつあります。しかしながら、従来の手法では感度的に検出できない遺伝子がある、一度に処理可能な細胞数が限られるなどの制限があり、検体によっては正しい結果が得られないケースがありました。
そこでイムノジェネテクス社では、日本ベクトン･ディッキンソン (BD) 社のRhapsodyシステムと東京理科大学発の高感度cDNA増幅法（TAS-Seq法（＊1）） をベースとし、さらに高感度に検出が可能なTAS-seq2法（＊2）を組み合わせたシングルセル / 核RNA-seq解析サービスを実施しております。また、お客様のご希望に応じて、現地にてRhapsodyによるシングルセル化、凍結細胞、凍結組織からの調製なども対応可能です。
既存のシングルセル/核RNA-seq解析では対応できない検体や、より正確な評価にぜひお役立てください。
＊1 固相担体を用いた核酸増幅方法（PCT / JP2020 / 027123）
＊2 相補DNA鎖を増幅する方法（特願2023-036275）
TAS-seq2法（
fig.1）
（Terminator-assisted solid-phase cDNA amplification and sequencing）
特長
- 既存のシングルセルRNA-seq解析に比べ、より多くの遺伝子を検出（fig.3）
- フローサイトメーターとの相関が高く､正確な細胞組成データを取得可能（fig.4）（fig.5）
- 一度に最大50,000細胞を処理が可能
- タンパク質変性作用のある界面活性剤を利用することにより、RNaseに対し高い耐性、顆粒球も効果的に解析可能
- 流路の詰まりがないため、サンプルロスリスクがほぼなく、臨床検体等の再取得困難なサンプルに最適
- Rhapsodyを用いることで、顕微鏡観察による解析細胞数の調節（細胞ロード後の追加）が可能
- Universal Surface Biotinylation (USB法）により、生物種・細胞種非依存的・細胞核対応なマルチプレックス解析が可能
- 固定細胞 / 細胞核解析に対応
- 少ない必要細胞数で対応可能（例：50,000細胞解析の場合、最終必要細胞数は65,000細胞）
お客様側で調製された細胞をイムノジェネテクス社まで送付、あるいは凍結細胞や凍結組織を送付し アッセイ用細胞の調製から実施することも可能です。
【解析実績サンプル例】
| シングルセルRNA-seq解析 |
| ヒト |
末梢血好中球、 PBMC、 肺手術検体、胃がん生検検体、乳がんT細胞、肺がん、大腸がん等 |
| マウス |
肺、肝臓、腎臓、皮膚、大腸、小腸、膵臓、脾臓、心臓白血球、舌、末梢血、
好塩基球、腹腔浸潤細胞、腹膜、腫瘍、ミクログリア、脳間質細胞、胃粘膜上皮
リンパ節、骨髄細胞、脂肪間質細胞等 |
| 培養細胞 |
ヒトiPS由来内皮細胞、 ヒトiPS細胞、ヒト間葉系幹細胞、 iPS由来軟骨オルガノイド肺オルガノイド、がん細胞株等 |
| その他生物種 |
プラナリア、カニクイザル軟骨、ハムスター肺、ラット腎臓・肺、アフリカツメガエル等 |
| シングル核RNA-seq解析 |
| マウス |
肺、脳、鼻粘膜上皮、嗅球、肝細胞、腎臓細胞、副腎等 |
サービス内容
| サンプル調製およびシーケンス |
Rhapsodyによる細胞単離とcDNA合成
TAS-seqによる増幅、ライブラリ調製およびシーケンス
その他 セルソート対応 |
| データ解析 |
マッピング解析
オプション：Seurat解析、sub-clustering解析、発現変動解析（DEG）、Trajectoty解析等 |
【その他の解析項目】
・タンパク質とmRNAの同時解析
・細胞核RNA-seq解析
・シングルセルレパトア (TCR / BCR) 解析
