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日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス ID: J02121

完全長16S アンプリコンシーケンス ID: J02121

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PacBio Revioを用いたロングリードシーケンスを行うことで、ショートリードシーケンスの影響による解析遺伝子の分断に対するソリューションおよび、マイナーな超可変領域カバーをすることが可能に

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サービスについて

特長

一分子リアルタイムシーケンス（Single-molecule real-time sequencing：SMRT Sequencing）を用いて、全長16S 遺伝子メタゲノムシーケンス解析を行うサービスです。
PacBio Revio を用いたロングリードシーケンスを行うことで、ショートリードシーケンスの影響による解析遺伝子の分断に対するソリューションおよび、マイナーな超可変領域カバーをすることが可能となりました。
種レベルでの細菌叢解析をご希望の方に、ご紹介できるサービスとなっております。

サービス仕様

  • シーケンシング：PacBio Revio（CCS モード）
  • ライブラリ調製方法： SMRTbell Express Template Prep Kit
  • 納品データ：BAMファイル
  • 納品方法：データダウンロード（100Gb未満）/HDD 納品（100Gb以上）

サンプル要件

  • サンプルの状態：Genomic DNA
  • サンプル量：300ng以上
  • 濃度：10ng/µL以上
  • 液量：15µL以上
  • 純度：OD260/280 = 1.8～2.0
    サンプルの分解、RNA・タンパク質のコンタミがないこと

データ解析（オプション）

  • データ品質管理：プライマー除去、キメラ濾過、デノイズASV
  • 分類学的解析：分類学アノテーション、分類学レベルごとのバープロット
  • アルファ多様性解析：アルファ多様性指標、アルファ希少度、アルファ群有意性
  • ベータ多様性解析：β多様性指標、β群有意性、主座標分析（QIIME2）
  • 統計学とプロット：配列レベルでの存在量差、分類学レベルでの存在量差、ベン分析（MetaStats等）

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
完全長 16S アンプリコンシーケンス お問い合わせ サンプル QC 後 6週間（ 解析なしの場合）

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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