特長
- Xenium In Situとの空間マルチオミクス解析が可能
- 40種類以上のマーカータンパク質を同時解析
- 高い精度と幅広い定量域を持ったシングルセルイメージングを実現
- FFPE検体・凍結組織検体に対応
サービス内容
凍結組織またはFFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、金属標識抗体による染色を行った後、IMC（Imaging Mass Cytometry）技術を用いて、Hyperion XTi（Standard BioTools社）でスライドをスキャンします。抗体に結合した金属ラベルの情報を読み取ることで、細胞やマーカータンパク質の空間的な分布を高精度に可視化することが可能です。取得されたデータは、専用ビューアー「MCD Viewer」（Standard BioTools社）を用いて視覚的に確認できます。
また、Xenium In Situ（10x Genomics社）の解析後スライドに対して抗体染色を行うことで、同一スライド上でRNAとタンパク質の両方を解析することも可能です。さらにHyperion XTiの出力データは、Xenium Explorer（10x Genomics社）の形式に変換することで、同一ビューアー上で統合的に確認できます。
＊ スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
＊ 一部検体の染色およびHyperion XTiの測定作業はStandard BioTools社で実施します。
【解析作業フロー】
解析内容は
こちらからご確認いただけます。
【スキャンモードについて】
Preview/Cell/Tissueのスキャンモードがあります。本サービスでは、最初にPreviewモードで組織全体を高速スキャンし、その全体画像をもとに関心領域（ROI）をご指定いただきます。続いてCellモードに切り替え、指定したROIに対して1µm単位の高解像度空間データを取得します。（
fig.1）（
fig.2）（
fig.3）
＊ Cellモードの代わりにTissueモードをご希望の場合は、事前にご相談ください。
＊ 画像の出典はスタンダード・バイオツールズ株式会社
【抗体パネル】
＊ 画像の出典はスタンダード・バイオツールズ株式会社
- 使用パネル
・Human Immuno-Oncology IMC Panel（31抗体）
現在利用可能な最大規模のIMCパネルであり、組織全体の構造、免疫浸潤や腫瘍微小環境の評価、細胞間相互作用、単一細胞の表現型および機能マーカーを多面的に解析可能です。
・Maxpar IMC Cell Segmentation Kit（3抗体）
細胞膜の境界を明瞭に識別でき、密な組織でも高精度な細胞セグメンテーションが可能です。Human Immuno-Oncology IMC Panelに追加することで、信頼性の高い空間解析が実現します。
- 上記パネル以外にも、目的に応じたパネル設計に柔軟に対応
・特定アプリケーションに必要な抗体のみを組み合わせた小型パネルでの解析も可能です。
・カタログ掲載の抗体から選択し、目的に応じたカスタムパネルの設計が可能です。
詳細は
こちらをご確認ください。パネルデザインは事前にご相談ください。
納品物
- 作業報告書
- Hyperion解析画像データ
・MCD形式ファイル: 無償のMCD ViewerやMCD SmartViewerで可視化可能
・TIFF形式ファイル: 無償のXenium Explorerで可視化可能
＊ オプションのXenium In Situの納品物は
こちらをご参照ください。
【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
＊ クラウド納品ご選択時の注意事項
- 画像データはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
推奨回線速度計測サイトはこちらから
- 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
- 画像データサイズの目安は数GByte／検体となります。
- 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
- ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
- 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。
受入検体
| 解析手法 |
受入形式 |
輸送温度 |
注意事項 |
| Hyperion XTi |
凍結組織 |
冷凍輸送(ドライアイス同梱) |
- 包埋からの作業も可能です。
- 包埋材の指定はございません。
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| 凍結切片スライド |
冷凍輸送（ドライアイス同梱） |
- 薄切厚：< 10 μm
- 薄切後速やかに送付ください。受領後2～3週間以内に解析いたします。
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| FFPE ブロック |
4℃ |
- 固定：10%中性緩衝ホルマリン液
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| FFPEスライド |
4℃（乾燥剤同梱、
スライドメイラー等で送付） |
- 固定：10%中性緩衝ホルマリン液
- 薄切厚：< 7 μm（3-4 μm）
- スライドグラスの指定はございません。
- HE染色済みのスライドも測定可能です。
- 薄切後速やかに送付ください。受領後2～3週間以内に解析いたします。
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Xenium In Situ +
Hyperion XTi |
Xenium 専用スライド |
4℃(乾燥剤同梱) |
- タカラバイオ社より10x Genomics社 Xenium Slideを送付いたします。
- 切片貼付後は、室温、デシケーターで4週間まで保存可能です。
※Xenium 解析後のスライド送付の場合、事前にご相談ください。
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＊ 凍結切片スライド、FFPEスライドの場合は測定スケジュールの調整が必要ですので、事前にご相談ください。
＊ XeniumはFFPEのみ対応です。
＊ 対象生物種はヒト・マウスのみです。
