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ID: J01984
空間的遺伝子発現解析
ID: J01984
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Stereo-seq
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を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
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空間的遺伝子発現解析 サンプル要件 / 注意事項
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サービスについて
概要
「空間的遺伝子発現解析」は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。
サービス内容
【WET】空間的遺伝子発現解析
Stereo-seq
TM
技術(STOmics
®
)を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング(10-15M paired-end reads / 検体)
【DRY】バイオインフォマティクス解析
解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)
データ解析内容(
fig.1
)
fig.1 データ解析:例
空間的遺伝子発現解析 サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ:OCT凍結包埋新鮮組織
生物種:ヒト、マウス(それ以外は要相談)
組織溶解条件の確認
凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Pへのマウント
別途切片3~5枚程度を凍結保管(RNA抽出して品質を確認)
転写物解析用の実験
凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Tへのマウント
納品物
下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
解析結果の中間報告資料(PDF)
解析結果の最終レポート(PDF)
データ解析結果(PDF、Excel)
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