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Arraystar / フィルジェン ID: J01418

LC-MS tRNA / mRNA 修飾受託解析サービス ID: J01418

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52ヌクレオシド修飾を解析することで、tRNAおよびmRNAの全体的な修飾プロファイルを明らかにします。

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サービスについて

概要

ArraystarのLC-MS tRNA/mRNA 修飾解析サービスは、52ヌクレオシド修飾を解析することで、tRNAおよびmRNAの全体的な修飾プロファイルを明らかにします。
tRNAは、mRNAデコーディング及びタンパク質翻訳の基礎となる要素です。tRNA および mRNA は、化学的に多様な転写後修飾を多く受けます。これらの修飾は、tRNA機能（フォールディング、安定性及びデコーディング[1]）にとって重要です。一般的に、tRNA本体における修飾は、tRNA構造のフォールディング、安定性、剛性及び柔軟性にとって重要である一方、アンチコドンループにおける修飾は、オープンループ構造、コドン・アンチコドンペアリング、ゆらぎ、及び翻訳フレームシフト防止によって、デコーディングに影響します。さらに、修飾ヌクレオチドは、追加のアミノ酸認識精度のアミノアシル-tRNAシンターゼ（AARS）のアイデンティティー決定因子として機能する[2]。一般的に、修飾の少ないtRNAは、分解の対象となります。tRNA および ｍRNA 修飾の研究は、おそらくtRNA発現プロファイリングと同じくらい重要です。
tRNA修飾及び修飾酵素の欠損は、がん、糖尿病、神経学的症状、循環器疾患、及びミトコンドリア関連疾患といった、ヒト疾患とリンクしています。。tRNA修飾プロファイルの解析は、疾患、tRNA修飾酵素、及びtRNA分子機能の関連を確立する鍵となります。
ArraystarのLC-MS tRNA/mRNA 修飾解析サービスは、total RNAをサンプルとし、tRNA および mRNA にとって重要な52ヌクレオシドの修飾を一度にプロファイリングする sample-to-data なソリューションを提供します。本サービスには、total RNA から tRNA または mRNA の単離、完全な加水分解、及びシングルヌクレオチドを調整するための脱リン酸化が含まれています。最新のウルトラ・ハイ・パフォーマンスLC-MSシステムは、新しいレベルの感度、精度、確度、ダイナミックレンジ、及び定量結果の堅牢性をお届けします。

fig.1 tRNA修飾及び修飾酵素の欠損
●References
  1. Kirchner S. and Z. Ignatova（2015） “Emerging roles of tRNA in adaptive translation, sig-nalling dynamics and disease.” Nat. Rev. Genet. 16(2):98-112[PMID:25534324]
  2. El Yacoubi B. et al.（2012）“Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs.” Annu. Rev. Genet. 46:69-95[PMID: 22905870]
  3. Torres A. G. et al.（2014）“Roles of tRNA modifications in human diseases.” Trends Mol Med 20(6):306-14[PMID:24581449]

特長

  • Total RNAサンプルを用いた複雑なtRNA修飾の定量解析
  • サンプルからデータまでのフルサービス
  • 高度に最適化された実験手順、最新のLC-MSシステム等による高いパフォーマンス
  • tRNA および mRNA における52ヌクレオシド修飾を一度にプロファイリング

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）、質量分析及びデータ解析を実施します。これらの作業は、フィルジェン海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

［ワークフロー］
  1. RNAのQCチェック
  2. DNase処理
  3. tRNAまたは mRNAのエンリッチメント
  4. エンリットメントされたRNAのシングルヌクレオシドへの消化
  5. 質量分析（LC-MS/MS）による修飾ヌクレオシドの定量化
  6. データ出力及びデータ解析
  7. プロジェクトレポートの作成

［検出する修飾］
Nucleoside modifications profiled by Arraystar LC-MS tRNA Modification Analysis
Number Nucleoside Symbol Number Nucleoside Symbol
1 3’-O-methyladenosine 3’-OMeA 29 5’-O-methylthymidine 5’-OMeT
2 3’-O-methyluridine 3’-OMeU 30 2-methylthio-N6-isopentenyladenosine ms2i6A
3 2’-O-methylcytidine Cm 31 2’-O-methyluridine Um
4 5-methyl-2-thiouridine m5S2U 32 Peroxywybutosine o2ψw
5 3-methylcytidine m3C 33 inosine l
6 5-methoxyuridine mo5U 34 5-taurinomethyl-2-thiouridine tm5s2U
7 5-methylcytidine m5C 35 2’-O-methylguanosine Gm
8 pseudouridine ψ 36 5-oxyacetic acid uridine cmo5U
9 N6-isopentenyladenosine i6A 37 1-methylguanosine m1G
10 2’-O-methylinosine lm 38 5-carbamoylmethyuridine ncm5U
11 5,2’-O-dimethylcytidine m5Cm 39 7-methylguanosine m7G
12 3-methyluridine m3U 40 Queunosine Q
13 1-methyladenosine m1A 41 N2-methylguanosin m2G
14 1-methylpseudouridine m1ψ 42 5-taurinomethyluridine tm5U
15 2-thiocytidine s2C 43 3’-O-methylinosine 3’-OMel
16 5-hydroxymethylcytidine hm5C 44 5-formyl-2’-O-methylcytidine f5Cm
17 N2,N2,7-trimethylguanosine m2,2,7G 45 2-thiouridine s2U
18 5,2’-O-dimethyluridine m5Um 46 dihydrouridine D
19 N4-acetyl-2’-O-methylcytidine ac4Cm 47 4-thiouridine s4U
20 N6-threonylcarbamoyladenosine t6A 48 5-formylcytidine f5c
21 N6-methyladenosine m6A 49 5-methoxyuridine m5U
22 2-methylthio-N6-threonylcarbamoyladenosine ms2t6A 50 wybutosine ψW
23 3’-O-methylcytidine 3’-OmeC 51 N4-acetylcytidine ac4C
24 5-carboxymethyluridine cm5U 52 5-methoxycarbonylmethyl-2’-o-methyluridine mcm5Um
25 2’-O-methyladenosine Am 53 N6, O2’-methyladenosine m6Am
26 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine mcm5s2U 54 5-methylaminomethyl-2-thiouridine mnm5s2U
27 N2, N2-dimethylguanosine m22G 55 5-hydroxyuridine ho5U
28 5-Methoxycarbonylmethyluridine mcm5U - - -

納品物

  • サンプルQCレポート
  • Rawデータ（.D形式）
  • 修飾リボヌクレオシドの定量結果（Excel形式）
  • プロジェクトレポート
＊ USB等の記録メディアにて納品します。

サンプル条件

サンプルタイプ 量 濃度
Total RNA 10μg～15μg ≧20ng/μL

＊ 記載量は最小量につき、倍量ご準備いただくことをお勧めいたします。
（備考）
1.DNase, RNaseフリーの1.5mL又は2mLエッペンチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨します）。
2.Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
3.UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 対応生物種（＊1） サンプル数 価格（税抜）（＊2） Cat# 納期（＊3）
LC-MS tRNA修飾受託解析サービス 真核生物 1サンプルから受注受付 ￥92,000 F-AS-LCTS-[サンプル数] 約2ヶ月
LC-MS mRNA修飾受託解析サービス 真核生物 1サンプルから受注受付 ￥92,000 F-AS-LCMS-[サンプル数] 約2ヶ月

＊1 実際に作業可能か確認する必要がありますので、ご依頼前にご相談ください。
＊2 海外提携先への送料が別途必要になります。
＊3 年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がありますこと、予めご了承下さい。

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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