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Novogene / フィルジェン ID: J00605

small RNA-Seq 受託解析サービス ID: J00605

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microRNAを含むsmall RNAを解析対象とした次世代シークエンスによる発現解析サービス

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サービスについて

概要

Small RNAは、標的mRNAの翻訳を調節する長さ18～40ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種であり、細胞成長、遺伝子の転写及び翻訳の制御において、重要な役割を担っています。Small RNA-Seq解析は、Small RNA機能の調査、miRNA及びその標的遺伝子制御ネットワークの構築において、非常に有用な手法となっています。本サービスでは、miRNAを含むSmall RNAを網羅的に解析します。

特長

◆次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なSmall RNAのシークエンス
◆バイオインフォマティクス解析にも対応（有償オプション）

サービス内容

ご送付いただいたRNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応しています。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又はフィルジェン社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】（fig.1）
illumina NovaSeq6000, SE50

【シークエンス量】
10M、20M、40M raw reads/sample
＊ QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊ 保証量は、お申し込み頂いたシークエンス量の98％となります。
＊ ご希望のシークエンス量がある場合、ご相談ください。

【作業内容】
  1. サンプルQCチェック
  2. ライブラリー作製
  3. シークエンス作業
  4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）
【バイオインフォマティクス解析】
＜解析パッケージ＞（fig.2）
ゲノムへのマッピング、miRNA、rRNA、snRNA、snoRNA及びnon-coding RNAの同定、新規miRNAの予測、既知miRNAの発現解析などをまとめたパッケージをご用意しております。
＊ 解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
＊ パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

fig.1 illumina NovaSeq6000

fig.2 Small RNA-Seq
＜解析データ例＞（fig.3）（fig.4）
デモレポートを用意しておりますので、ご希望される場合は、お知らせください。

fig.3 解析データ例

fig.4 Volcano Plot
＜データ間イニングサービス（次世代シークエンシングデータ解析サービス）＞
「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合）
  • プロジェクトレポート
＊ USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

必要サンプル量

　　　　　　　 　　　　　　　 　　　　　　　 　　　　　　　 　　
サンプルタイプ Amount（Qubit®） 液量 濃度 RIN（Agilent2100） 純度（NanoDropTM）
Total RNA（Animal） ≧3μg≧20μL ≧50ng/μL ≧7.5
smooth base line		 O.D.260/280： ≧2.0
O.D.260/230： ≧2.0
no degradation
no contamination
Total RNA（Plant and Fungus）≧3μg≧20μL≧50ng/μL≧7
smooth base line
Exosome RNA ≧20ng ≧10μL - Fragments distributing
between 25～200nt
(by high sensitive Agilent 2100 Bioanalyzer),
FU＞10, with no peak＞2000nt
  1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
    ＊ 電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
  3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
    ＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. スピンカラムでRNA抽出・精製する際、miRNA等が除去されることがありますので、必ずキットの仕様を確認してください。
  7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 数量 価格（税抜） 納期 Cat.#
small RNA-Seq受託解析サービス
（10M raw reads/sample） 		1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq10-（サンプル数）
small RNA-Seq受託解析サービス
（20M raw reads/sample）		 約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq20-（サンプル数）
small RNA-Seq受託解析サービス
（40M raw reads/sample） 		約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq40-（サンプル数）
small RNA-Seq受託解析サービス
（10M raw reads/sample）
バイオインフォマティクス解析付 		約2～2.5ヶ月間 F-Novo-sRseq10D-（サンプル数）
small RNA-Seq受託解析サービス
（20M raw reads/sample）
バイオインフォマティクス解析付 		約2～2.5ヶ月間 F-Novo-sRdeq20D-（サンプル数）
small RNA-Seq受託解析サービス
（40M raw reads/sample）
バイオインフォマティクス解析付		 約2～2.5ヶ月間 F-Novo-sRseq40D-（サンプル数）

＊ 納期は、サンプルのQCチェック後の日数です。
＊ 年末年始、夏季休業、祝祭日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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