Novogene / フィルジェン ID: J00605

small RNA-Seq 受託解析サービス ID: J00605

サービスについて

概要

Small RNAは、標的mRNAの翻訳を調節する長さ18~40ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種であり、細胞成長、遺伝子の転写及び翻訳の制御において、重要な役割を担っています。Small RNA-Seq解析は、Small RNA機能の調査、miRNA及びその標的遺伝子制御ネットワークの構築において、非常に有用な手法となっています。本サービスでは、miRNAを含むSmall RNAを網羅的に解析します。

特長

◆次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なSmall RNAのシークエンス
◆バイオインフォマティクス解析にも対応(有償オプション)

サービス内容

ご送付いただいたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応しています。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又はフィルジェン社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】fig.1
illumina NovaSeq6000, SE50

【シークエンス量】
10M、20M、40M raw reads/sample
* QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
* 保証量は、お申し込み頂いたシークエンス量の98%となります。
* ご希望のシークエンス量がある場合、ご相談ください。

【作業内容】
  1. サンプルQCチェック
  2. ライブラリー作製
  3. シークエンス作業
  4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
【バイオインフォマティクス解析】
<解析パッケージ>(fig.2
ゲノムへのマッピング、miRNA、rRNA、snRNA、snoRNA及びnon-coding RNAの同定、新規miRNAの予測、既知miRNAの発現解析などをまとめたパッケージをご用意しております。
* 解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
* パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。
<解析データ例>(fig.3)(fig.4
デモレポートを用意しておりますので、ご希望される場合は、お知らせください。
<データ間イニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品いたします。
* プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

必要サンプル量

                                  
サンプルタイプ Amount(Qubit® 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度(NanoDropTM
Total RNA(Animal) ≧3μg≧20μL ≧50ng/μL ≧7.5
smooth base line
O.D.260/280: ≧2.0
O.D.260/230: ≧2.0
no degradation
no contamination
Total RNA(Plant and Fungus)≧3μg≧20μL≧50ng/μL≧7
smooth base line
Exosome RNA ≧20ng ≧10μL - Fragments distributing
between 25~200nt
(by high sensitive Agilent 2100 Bioanalyzer),
FU>10, with no peak>2000nt
  1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
    * 電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. スピンカラムでRNA抽出・精製する際、miRNA等が除去されることがありますので、必ずキットの仕様を確認してください。
  7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 数量 価格(税抜) 納期 Cat.#
small RNA-Seq受託解析サービス
(10M raw reads/sample)
1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq10-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(20M raw reads/sample)
約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq20-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(40M raw reads/sample)
約1.5ヶ月間 F-Novo-sRseq40-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(10M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
約2~2.5ヶ月間 F-Novo-sRseq10D-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(20M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
約2~2.5ヶ月間 F-Novo-sRdeq20D-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(40M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
約2~2.5ヶ月間 F-Novo-sRseq40D-(サンプル数)

* 納期は、サンプルのQCチェック後の日数です。
* 年末年始、夏季休業、祝祭日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと予めご了承ください。

関連サイト