倉敷紡績 / 倉敷紡績 ID: J00682

全ゲノムシーケンス解析サービス ID: J00682

サービスについて

特長

既知ゲノム配列を利用したリシーケンス解析サービスです。ハイエンドシーケンサー Illumina NovaSeq6000での解析でコストパフォーマンスに優れたシーケンスデータを提供します。

解析方法

ゲノムDNAを断片化し、ショットガンシーケンシングを実施します。解析対象となる生物種に応じてデータ取得量を決定します。ヒトの場合では150bpペアエンドシーケンス解析、取得データ量は90Gb(ゲノムカバレッジ約30倍)を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列(リファレンス配列)にマッピングし、それぞれの染色体位置において変異が起こっている確率を算出します。
ヒトの場合は変異解析以外にも、染色体の構造変異、コピー数変異の解析が可能です。(fig.1)

有償オプション

  • 遺伝子変異解析
    各染色体部位において検出した遺伝子変異情報(SNP, short InDel)をエクセルファイルにて報告します。変異情報としては①変異を検出した染色体部位(染色体番号、塩基番号)②変異情報(標準 / 変異塩基配列情報、シーケンス頻度)③変異箇所の遺伝子情報(遺伝子名、各種データベースID、変異頻度など)となります。(fig.2)
  • コピー数変異解析
    コピー数変異を検出した染色体領域、構造変異情報(逆位・転座などの変異情報)をvcfファイル形式にて報告します。(fig.3)
  • 構造変異解析
    構造変異を検出した染色体領域、構造変異情報(逆位・転座などの変異情報)をvcfファイル形式にて報告します。(fig.4)
* シーケンス解析のみをご依頼の場合には、FASTQファイルでの納品となります。上記はデータ解析を依頼いただいた場合の結果例です。

必要なサンプル

ゲノムDNA 3.0μg以上(濃度 50ng/μL以上)
*サンプルはヌクレアーゼフリー水に溶解してください
*電気泳動にて10~20kbに単一のバンドが検出されていることをご確認ください。DNAの分解などによってスメア状になっている場合は解析をお受けすることができません。
*DNAの定量はQubit Fluorometerなどの蛍光法による測定データをご利用ください。NanoDropなどの吸光度による測定データは過大評価される恐れがあります。

納品データ

データ量により、DVD-R、USBメモリ、HDDのいずれかで納品します。

シーケンス解析のみをご依頼の場合
・解析報告書(シーケンス結果サマリー)
・サンプル初期チェック結果報告書
・シーケンスデータ一式(Fastq形式)

データ解析をご依頼の場合【有償オプション】
・リファレンス配列へのマッピングデータ(bam形式)
・SNP, InDel解析結果(Excel形式、vcf形式)
・CNV解析結果(Excel形式)
・SV解析結果(vcf形式)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
全ゲノムシーケンス解析サービス お問い合わせ サンプルお預かりより約2ヶ月

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