概要
Visium空間的遺伝子発現解析
Visium HDは、組織切片を2µm × 2µmのサイズのグリッドでmRNAをキャプチャーし、シングルセルスケールで位置情報を保持したまま、遺伝子発現を網羅的解析を行うことで、組織構造・細胞集団の多様性・空間的遺伝子発現パターンを可視化する手法です。
これにより、以下の項目を詳細に捉えることが可能になります。
・隣接細胞間の発現差
・組織境界や微小構造の遺伝子変化
・小さな細胞集団の特性
Visium HDには、ヒトもしくはマウスのプローブで遺伝子を検出するVisium HD WT Panelと、PolyAキャプチャー法を採用したVisium HD 3’があり、Visium HD WT Panelでは、ヒトは約18,000、マウスは約19,000種類の遺伝子をターゲットとしたプローブでの網羅的解析を実施します。またカスタムでプローブを作成することで、GFPなどの外来遺伝子や、ウイルス配列の検出も可能となります。Visium HD 3’はPolyAキャプチャー法でmRNAを検出するため、ヒト、マウスのみではなく、その他の生物種での解析が実現できます。
Xenium In Situ解析
Xeniumは、RNA分子を細胞内レベルの位置情報とともに直接検出するイメージングベースのin situ解析プラットフォームで、組織構造・細胞状態・細胞間相互作用を総合的に理解できる手法です。
Xeniumの技術的特徴として独自のプローブ設計と蛍光イメージング技術により、組織切片中のRNA分子をサブセルラー解像度（細胞内局在を識別可能）で検出します。
これにより、例えば同じ細胞内でも「核」「細胞質」「細胞膜側」など、局在の違いによる細胞機能の差異を視覚的かつ定量的に解析が可能です。
また、ターゲット遺伝子を絞って集中的に解析する方式を採用しているため、「最大5,000遺伝子のハイプレックスパネル」に加え、別途オプションで「最大480遺伝子の完全カスタムパネル」を選択して、研究目的に最適化したデザインが可能です。
初めて空間解析を実施される研究者の方にも安心してご利用いただけるよう、技術面・解析面の双方において、Web面談等で、丁寧にご支援いたします。
特長
Visium空間的遺伝子発現解析
- 探索研究に最適なほぼ全ての遺伝子を解析
- 最小2µm×2µmの高解像度グリッドにより、シングルセルスケールの解析を実現
- 組織全体を一括解析でき、細胞集団の空間パターンを網羅的に把握
- NGSベースのため、既存の手法による解析が可能なため自由度が高い
これらの特長により、細胞集団レベルの空間構造や、領域間の遺伝子発現差、腫瘍微小環境などを、全遺伝子の網羅情報をもとに解析することが可能です。
Xenium In Situ解析
- 細胞密度の高い組織（脳、腫瘍、発生組織など）でも高精度に位置情報を保持
- 1細胞より更に細かい位置決めが可能（サブセルラー解析）
- 組織構造と分子情報を融合した「画像データ」がそのまま取得できる
これらの特長により、組織全体のマクロな構造、個々の細胞、さらには細胞内局在までを一貫して確認できるため、細胞間相互作用や微小環境の空間的関係を、詳細に解析することが可能です。
Visium と Xenium の違い
| 項目 |
Visium HD |
Xenium |
| 空間分解能 |
スポット単位（複数細胞の平均） |
サブセルラー（細胞内レベル） |
| 1スポット / 1細胞の扱い |
最小2 x 2µmのグリッド状の解像度 |
個々の細胞をセグメント化し、位置と発現を統合 |
| キャプチャーサイズ |
6.5mm x 6.5mm |
10.4mm x 22.4mm |
| 検出遺伝子数 |
全トランスクリプトーム |
ターゲットを絞った最大5,000遺伝子 |
| データの性質 |
シーケンスベースの網羅的発現情報 |
画像ベースの分子位置情報 |
| ポイント |
Visium HDは、Xeniumが採用するイメージングベースの「in situ 解析」とは異なり、NGSベースの空間遺伝子発現解析です。またXeniumは最大5,000遺伝子を対象としておりますが、Visium HDはほぼ全ての遺伝子を網羅的に解析するため、探索研究に適しています。 |
Xeniumは、Visiumに代表される NGS ベースの空間的遺伝子発現解析とは異なり、イメージングによって RNA の位置情報を直接取得する手法です。 |
