概要
サーモフィシャーサイエンティフィック社のCytoScan
® アレイを用いた受託解析サービスです。
高密度に設計・搭載されたプローブで、ゲノムワイドに染色体異常の解析が可能です。
アフィメトリクス社の専用ソフトChASを使用することで、データの可視化・解析も行っていただけます。
ラインナップの1つであるCytoScan
® HDアレイは、ヒトゲノム全体にわたる既知および新規の染色体異常を検出できます。このアレイは、偏りのない全ゲノムカバー率、ゲノム全体を対象とする優れた性能（400kbを超えるコピー数変化に対する感度および特異性99％超）、最高密度のプローブ（75万個のSNPを含む260万個超のマーカー）で、遺伝子レベルのコピーニュートラルLOH、片親性イソダイソミー（UPD）、同祖的領域、低レベルのモザイク現象とサンプルの不均一性を検出することを特長としています。
CytoScan®アレイ ラインナップ
| アレイ名 |
マーカー数 |
マーカー間隔（平均） |
| CytoScan HD Array |
2,670K |
1,148bp |
| CytoScan 750K Array |
750K |
4,127bp |
解析方法
お預かりしたゲノムDNAを制限酵素処理、アダプターをライゲートし、PCRで増幅します。
精製・定量したPCR産物を断片化し、ラベリングした後、CytoScan Arrayにハイブリダイズします。
その後、ポストハイブリ洗浄を経てストレプトアビジン－フィコエリスリンにより蛍光標識を行ないます。蛍光標識したアレイをスキャニングし、イメージ画像を取得後、専用解析ソフトを用いてシグナルの数値化・データ解析を行ないます。（
fig.1）
必要なサンプル
ゲノムDNA：1μg以上（濃度 50ng/μL以上）
DNA純度（A260/A280）： 1.7～2.0
＊ PCR反応の阻害を避けるため、高濃度の塩やキレート、hemeなどを含まないサンプルをご用意ください。
＊ アガロースゲル電気泳動で10～20kbのDNAであることをご確認ください。電気泳動写真を添付してください。
＊ DNA定量結果に影響を与えないため、RNase処理を推奨します。
納品データ
解析報告書およびDVD-ROMなどの記憶媒体に解析データを収録して納品します。
- GeneChipシステム形式データ
解析システムより産生されるCEL・CYCHPファイルは、Chromosomal Analysis Suite (ChAS)ソフトウェアで解析する際に必要になります。
Chromosomal Analysis Suite (ChAS) ソフトウェア（無償）をダウンロードして使用すれば、データの可視化や任意の解析も可能です。（ChASソフトウェアの使用には、64-bit Windowsが必要です。）
- ChASソフトウェア アウトプットファイル（fig.2）
ChASソフトウェアで解析、エクスポートした結果をエクセルファイルにて報告します。
データ内容はコピー数変化が起こっているゲノム領域のレポート、各SNPマーカーにおけるジェノタイピングデータが含まれます。
