倉敷紡績 / 倉敷紡績 ID: J00689

smRNAシーケンス解析サービス ID: J00689

サービスについて

特長

small RNAは長さ~200ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種です。small RNAの代表格であるmicroRNA(miRNA)はタンパク質合成(翻訳)時の制御において重要な役割を担っており。疾患マーカーとしての有用性が注目されています。
本解析サービスではmiRNAを含むsmall RNAを網羅的に解析します。マイクロアレイでは解析できない新規miRNA候補の検出が可能です。

解析方法

Total RNAから逆転写反応、PCRにて増幅したcDNAをシーケンシングします。ゲル電気泳動によるサイズ分画によりsmall RNAを含む画分がシーケンス対象となります。シーケンス方法は50bpシングルリードシーケンス、取得リード数は真核生物の場合30~40million readでの解析を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列(リファレンス配列)にマッピングし、各種miRNAコード領域内にマッピングされたリード数をカウントします。(fig.1)

必要なサンプル

Total RNA 3.0μg以上(濃度 100ng/μL以上)
*サンプルはヌクレアーゼフリー水に溶解してください。
*RNAの定量はQubit Fluorometerなどの蛍光法による測定データをご利用ください。NanoDropなどの吸光度による測定データは過大評価される恐れがあります。

納品データ

miRBaseデータベースに基づいて既知miRNA種のリードカウントをサンプルごとに報告します。また新規miRNA種候補をmiRDeep2で予測します。既知small RNA種(snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA)の分類をRfamデータベースに基づいて実施します。これらのデータはエクセルファイルにてご報告いたします。
*シーケンス解析のみをご依頼の場合には、FASTQファイルでの納品となります。上記はデータ解析を依頼いただいた場合の結果例です。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
smRNAシーケンス解析サービス お問い合わせ サンプルお預かりより約2ヶ月

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