特長
small RNAは長さ~200ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種です。small RNAの代表格であるmicroRNA(miRNA)はタンパク質合成(翻訳)時の制御において重要な役割を担っており。疾患マーカーとしての有用性が注目されています。
本解析サービスではmiRNAを含むsmall RNAを網羅的に解析します。マイクロアレイでは解析できない新規miRNA候補の検出が可能です。
解析方法
Total RNAから逆転写反応、PCRにて増幅したcDNAをシーケンシングします。ゲル電気泳動によるサイズ分画によりsmall RNAを含む画分がシーケンス対象となります。シーケンス方法は50bpシングルリードシーケンス、取得リード数は真核生物の場合30~40million readでの解析を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列(リファレンス配列)にマッピングし、各種miRNAコード領域内にマッピングされたリード数をカウントします。(
fig.1)