概要
お客様が蛍光プライマーを用いて増幅したPCR産物を送付していただき、シーケンサーによるキャピラリー電気泳動でフラグメント長を判定します。
解析条件
- 使用キャピラリーシーケンサー：3730xl DNA Analyzer
- 使用キャピラリー長 / ポリマー：50cm / POP7
データの確認は、ThermoFisher SCIENTIFIC社の【ThermoFisherCloud】か、またはフラグメント解析専用のフリーソフトウェア【Peak Scanner2】をご利用ください。
【ThermoFisherCloud】につきましては、ユーザー登録いただくことで波形確認用モジュール Peak Scanner がご利用いただけます。
＊ クラウド上でデータをご確認いただきますため、Mac、Winを問いません。
Thermofisher SCIENTIFIC社のHPより、下記のURLにてご案内がございます。
https://identity.thermofisher.com/account-center/signin.html
フリーソフトウェア【Peak Scanner2】につきましては、Thermofisher SCIENTIFIC社のHPより、下記のURLにてフリーでダウンロードできます。
＊ ただし、こちらのソフトの推奨OSはwindows7までの対応となっております
https://resource.thermofisher.com/page/WE28396_2/
Dye set フィルター
ファスマックでは、以下のフィルターセットをご用意しており、1オーダーにつき適した1フィルターを選択し、解析を行います。 以下の対応する蛍光標識をご確認いただき、使用する蛍光標識、サンプルをプールする場合の標識の組み合わせにご注意ください。 なお、以下の蛍光標識、Dyesetフィルター以外にも対応可能な場合がございますので、お気軽にご相談ください。
- G5
FAM、VIC、NED、PET対応 / サイズスタンダード：500LIZ、600LIZ、1,200LIZ（＊1）
- J6
FAM、VIC、NED、SID、TAZ対応/サイズスタンダード：500LIZ、600LIZ、1,200LIZ（＊1）
1200LIZ使用は追加料金がかかりますので、予めご了承ください。またJ6フィルターにつきましては、サイジングデータオプションが適用不可になります。予めご了承ください。
| スタンダードプランの場合 | ＋￥200/サンプル |
| プレートプランの場合 | ＋￥5,000/枚 |
- D
FAM、HEX、NED対応 / サイズスタンダード：400ROX、500ROX
- F
FAM、JOE、NED対応 / サイズスタンダード：400ROX、500ROX
- E5（SNaPshotサンプル泳動用）
dR110、dR6G、dTAMRA、dROX対応 / サイズスタンダード：120LIZ
＊ SNaPshotサンプルをファスマック社の機器条件で泳動する場合、20bp付近のピークが30bp付近までずれ込む現象を、複数のユーザー様よりご報告いただいております。
シングルプレックスの泳動の場合問題ございませんが、マルチプレックスの場合、アリル判定が困難になるためご注意ください。
- プロメガ社キット泳動用（PowerPlexシリーズ/MSI anlysisなど）
4C（Fluorescein、JOE、TMR）対応/サイズスタンダード：ILS600
5C（Fluorescein、JOE、TMR-ET、CXR-ET）対応/サイズスタンダード：ILS500
＊ 使用をご希望の際はご相談ください。
解析の流れ
- お客様よりサンプル送付
- サンプル到着後、お客様へサンプル受領のご連絡を行います。
- サンプル濃度に基づき、サンプルの希釈を実施いたします。
- サイズスタンダード、ホルムアミドを添加し、シーケンサーによる泳動を行います。
- 得られたデータを解析ソフトにインポートし、データチェックならびにサイジングデータを作成します。
- お客様へデータを納品いたします。
＊ サンプルをプールした場合は1サンプルとして対応させていただきます。
（例）2サンプルをプール⇒1サンプル
カスタムサービス
ファスマックではDNA抽出、PCR作業などウェットな作業や、マイクロサテライト解析のジェノタイピング（多型判定）の実績もございます。上記サービス以外のご要望がございましたら、ご相談いただければ幸いです。
ご提供いただくもの
- PCR増幅産物（10μL）＊ 予め蛍光標識されたものからの受け入れとなります。
- 電気泳動写真 ＊ 併せて電気泳動へのサンプル及びマーカーの供与量をご記入ください。
またマーカーから算出される各PCR産物濃度も概算で構いませんのでご記入ください。
【重要】
スタンダード8連プランの際は8連チューブに、プレートプランの場合はプレートにてサンプルをご送付ください。
（空きウェルは切ったりせずに、何も入れない空の状態でお送りください）
納品物
クロマトデータ（.fsaファイル）、サイジングデータ（.xlsファイル、オプションによる）
| サービス項目 |
価格（税抜） |
納期 |
フラグメント解析
スタンダードプラン |
￥500/サンプル
（8サンプル以下は一律￥4,000となります。） |
サイジングデータあり：3営業日以内
サイジングデータなし：2営業日以内 |
フラグメント解析
プレートプラン |
￥33,600/枚（96サンプル） |
サイジングデータあり：3営業日以内（2プレートまで）
サイジングデータなし：2営業日以内（2プレートまで） |
＊ 午後に到着したサンプルにつきましては、納期を1営業日加算させていただきます。
＊ （スタンダードプラン）8連チューブにてサンプルをご送付下さい。
（プレートプラン）プレートにてサンプルをご送付下さい。68サンプル以上の場合、プレートプランでご依頼下さい
＊ （プレートプラン）2プレートごとに納期を加算させていただきます。
＊ （プレートプラン）別日にご依頼いただいた場合で、さらに前回ご依頼いただいた分の出荷が済んでいない場合には、前回ご依頼いただいた分の最終出荷日を到着日として換算させていただきますので、予めご了承ください。
＊ （プレートプラン）サイジングデータは、サイズスタンダードピークの範囲内において検出される、全てのdyeのピーク（RFU50以上）をまとめたエクセルデータになります。
