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DNAチップ研究所 / フナコシ ID: J00302

エクソーム解析受託サービス ID: J00302

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エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異（SNV（SNP）/InDel） を検出するエクソーム受託解析を行います。

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サービスについて

概要

エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 （SNV（SNP）/InDel）を検出するエクソーム受託解析を行います。既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。

特長

  • （株）DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8試料（＊1）をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
    高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異やシークエンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。
    ＊1 採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名（現在の健康状態を保証するものではありません）。
  • 以下の2種類の代表的なパイプラインを使用したダブルパイプラインで解析を行います。
    異なるソフトウェアで共通で検出される変異は、経験的に精度が高いことが知られており、1000 Genomesでも実績のある方法です。また、複数の論文で、変異検出ソフトウェアによる解析結果の違いが報告されています（＊2）（＊3）。
    　・BWA + Genome Analysis Toolkit（GATK）based pipeline
    　・BWA（通常）／Mosaik（オプショナル） + FreeBayes（FB）based pipeline
    ＊2 BWAとMosaikは、リファレンスゲノムへのアライメントを行うためのソフトウェア、GATKとFBは、変異検出（SNV、InDel）を行うためのソフトウェアです。
    ＊3 通常の解析では、BWAでアライメントを行った結果をもとに、GATKとFBで変異検出を行っています。Mosaikによるアライメントは、オプショナル解析となります。
  • エクソーム解析では1試料あたり数万の変異が検出されます。そこから、目的の変異の絞り込みを行うのは非常に困難であるため、タンパク質に影響を与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込みを行って、結果をお返しします。
  • エクソーム解析はゲノムのエクソン領域のみを濃縮して解析します。
  • 効率的にエクソン上の変異（Single Nucleotide Variant 、Short Insertion/Deletion：SNV（SNP）/InDel）を検出します。
  • 既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。

解析の流れ

  1. 試料のクオリティチェック（QC）を行います。
  2. 試料ゲノムDNAを超音波によりランダムに断片化し、アダプタ・インデックスを使用してライブラリーを調製します。試料とオリゴRNAをハイブリダイズさせ、キャプチャされたDNAだけを濃縮、増幅してライブラリーを調製します。

    3. 前処理試薬 ライブラリー調製試薬
    SureSelect Human All Exon V6（Agilent社） SureSelect XT HS 試薬キット（Agilent社）
    SureSelect Human All Exon V7（Agilent社）
    SureSelect Human All Exon V8（Agilent社）
  3. illumina社の次世代シークエンサー（NovaSeq/NextSeq等）によるシークエンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

データ解析(fig.1)


fig.1 データ解析
  • 2種類の解析ソフトウェア（FreeBayes および GATK-lite）によるダブルパイプライン解析
  • 京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与
  • タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
  • アミノ酸置換変異のタンパク質への影響予測
  • gnomADのアレル頻度情報、最新COSMICなどの充実したアノテーション情報の付加
（株）DNAチップ研究所取得の日本人高齢健常者を加えたエクソームデータ解析（高齢健常コントロールデータ）を加えた解析、
腫瘍試料の解析の場合、Strelka somatic variant callerによる腫瘍－正常ペアサンプルによる体細胞変異検出解析を行います。

高齢健常コントロールデータ

株式会社DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8検体（＊1）をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異やシーケンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。（fig.2）

＊1 採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名 （現在の健康状態を保証するものではありません）

高齢健常コントロール2検体以上に見られるが、京都大学HGVD （1,208名の日本人のエクソームデータを収録) に見られないレア変異。日本人特有の変異の可能性もあるが、シーケンシングエラーの可能性も高いと考えられる。

［実用例］（fig.3）

fig.2 高齢健常コントロールデータ

fig.3 実用例：ある疾患患者との変異比較

納品物例

  • サンプルQC
  • bam（アライメントデータ）
  • dataQC（FastQC，MultiQC）
  • mapping_quality（マッピングのクオリティ）
  • original_fastq（FASTQ生データ）
  • trimmed_fastq（トリミング済みFASTQファイル）
  • 変異解析結果（Excelファイル・VCFファイル）
  • 報告書・解説書（PDFファイル）

fig.4 ゲノムビューワー（IGV）による解析結果

fig.5 SNV (SNP) / InDel変異の検出結果（エクセル）

試料送付について

二本鎖ゲノムDNA量 DIN値
0.5μg以上 7以上

［ポイント］
・有機溶媒が混入していない、カラム精製をしたDNAをご送付下さい。
・DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
［注意］
・試料量が上記に満たない場合は結果の保証ができませんのでご了承下さい。
・組織、細胞、FFPEスライドなどからご依頼いただく場合は、DNA/RNA抽出をご参照いただくか別途お問い合わせ下さい。
・FFPE由来DNAの場合、0.2 μg以上あれば解析が可能です。（ただし、結果の保証が出来かねますのであらかじめご了承下さい。）
・分解の進んだDNAではライブラリーが得られないことがあります。
・ライブラリー調製ならびにシークエンスまで問題なく進んでも、データのカバレッジに偏りが出る場合や、データが全く得られない場合があります。

ご注文に関して

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