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北海道システム・サイエンス / 北海道システム・サイエンス ID: J02181

次世代シーケンス　Small RNA-Seq解析 ID: J02181

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miRNA/siRNAなど Small RNA の網羅解析サービス

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サービスについて

概要

Small RNA-Seqデータを使用して、miRNAなどのsmall RNAの発現を解析します。

解析の流れ

＜リファレンスゲノムがある場合＞
  1. シーケンスデータ取得
  2. リファレンスゲノムへのマッピング
  3. 既知miRNAの発現解析
  4. 有意差検定
＜リファレンスゲノムがない場合＞
  1. シーケンスデータ取得
  2. miRBase相同性検索
  3. 推定miRNAの発現解析
  4. 有意差検定

解析仕様

使用機器 Illumina NovaSeq
データ量 1,000万リードペア/検体

解析メニュー

  • リファレンスゲノムマッピング・既知miRNAの発現解析
    small RNA-Seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングし、既知miRNAの発現頻度を算出します。
    標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。
  • miRbase相同性検索・推定miRNAの発現解析
    small RNA-Seqのリードの同一配列を集計し、既知miRNAとの相同配列検索を行います。
    得られた推定miRNAについて、リードカウント情報を基に発現頻度を予想し、検体間・群間比較を行いFold Changeを算出します。
  • 有意差検定
    群間におけるmiRNA発現変動の有意差検定を行います。（n≧3 推奨）

サンプル必要量

提供サンプル種別 総量 濃度 液量
total RNA 2μg以上 50ng/μL以上 30μL以上
Small RNA 60ng以上 2ng/μL以上 30μL以上

ご注文に関して

以下のファイルをご利用の上、お問い合わせフォーム からご送付ください。

専用注文書類
次世代シーケンス_Illumina注文書（ショットガン_DNA・RNAサンプル用） (Excel)
次世代シーケンス_Illumina注文書（ショットガン_細胞・組織サンプル用） (Excel)
次世代シーケンス_Illumina注文書（調製済みライブラリ用） (Excel)

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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