ご要望に応じて、最適なプランをご提案いたします。
| データ量 | 4,000万リード/6Gb |
|---|---|
| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認 ・原核生物のrRNA除去 ・ランダムプライマーでcDNA合成後、シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（DNBSEQ 150bpペアエンド解析） |
| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ＊ データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途￥10,000（税抜）がかかります。 お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。 【HDD納品となる目安】生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb |
| ご提供サンプル | トータルRNA1μg以上 （＞50ng/μL、＞20μL） ＊滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。 ＊1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。 |
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| メタトランスクリプト―ム解析サービス | ￥50,000/サンプル | 20営業日 |
| 項目 | 備考 | 価格（税抜） | 追加納期 |
|---|---|---|---|
| RNA抽出 | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 ＜ご提供サンプル量の目安＞ 細菌：細胞数 1×109程度、湿重量 20mg程度 酵母：細胞数 5×107程度、湿重量 25mg程度 植物（葉）：湿重量 50mg程度、直径1.5cm 動物細胞：細胞数 1×107程度、湿重量 20mg程度 動物組織：湿重量 20mg程度 |
￥20,000/サンプル | 5営業日 |
| 項目 | 備考 | 価格（税抜） | 追加納期 |
|---|---|---|---|
| 特定生物由来のリードの除去 | 取得したリードから特定の生物のリードを除去します。 例1）ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する 例2）植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する |
8サンプルまで一律￥50,000 ＊ 9サンプル以上の場合1サンプルあたり+￥6,250 |
8サンプルまで2営業日 ＊ 9～20サンプルは3営業日、21～40サンプルは4営業日、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング | Trinity によるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します（下記参照）。 | 8サンプルまで一律￥100,000 ＊ 9サンプル以上の場合1サンプルあたり+￥12,500 |
8サンプルまで10営業日 ＊ 9～20サンプルは15営業日、21～40サンプルは20営業日、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 | アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka（ソフトウェア）によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います（下記参照）。 | 8サンプルまで一律￥200,000 ＊ 9サンプル以上の場合1サンプルあたり+￥25,000 |
8サンプルまで20営業日 ＊ 9～20サンプルは30営業日、21～40サンプルは40営業日、41サンプル以上は要相談 |
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析の説明（fig.1）
生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。
さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。
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