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Active Motif / タカラバイオ ID: J00111

ChIP-Seq解析 ID: J00111

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タンパク質とクロマチンの相互作用研究に

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サービスについて

特長

  • 経験豊富なActive Motif社による作業
  • 細胞や組織からクロマチン免疫沈降サンプルの解析（ChIP-Seq）を実施。バリデーション済み抗体も多数ご用意
  • 修飾ヒストン結合領域、転写因子結合領域、RNA polymerase II結合領域をゲノムワイドに検出

サービス内容

培養細胞、組織をご提供いただき、Active Motif社でChIP反応を実施します。ChIP産物はNextSeq等を用いて網羅的にシーケンスを行います。取得した配列は参照ゲノムにマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。コントロールサンプル（input）の解析を加えることで、バックグラウンドノイズを抑えた高精度の解析が可能です。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。

  • 作業の流れ
    1. お問い合わせ
      Active Motif社担当者と実験計画の相談も可能です。
    2. 検体送付
      固定化した培養細胞、または凍結組織を送付いただきます。
    3. ChIP反応
      クロマチンの調製、およびChIP反応をActive Motif社にて実施いたします。
    4. シーケンス
      イルミナ社シーケンサーを用いてシーケンスいたします。 検体あたり数千万tagを取得します。
    5. データ解析
      検体間比較結果も納品いたします。

納品物

  • Summary Report
  • シーケンスデータ一式（fastq）
  • マッピング情報（bam）
  • ChIP解析結果一式（Excel）
  • UCSC閲覧ファイル（bigWigURL）　等
【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
＊ クラウド納品ご選択時の注意事項
  • シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
    事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
    推奨回線速度計測サイトはこちらから
  • 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
  • シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
    エクソームシーケンスやRNA-Seq
    （シーケンスデータ量 5～6 Gbase／検体）    		 約5 GByte／検体
    全ゲノムシーケンス
    （シーケンスデータ量 90 Gbase／検体）    		 約70 GByte／検体
  • 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
  • ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
  • 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

受入サンプル

  • ChIP解析の場合

    提供物 サンプル量 処理方法
    培養細胞 5×106～2×107 cells 別途固定方法をご連絡いたします
    組織（B細胞・T細胞含む） 100～200mg 液体窒素で凍結後、－80℃保存した組織

    ＊上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット
ATAC-seq / ChIP-seq解析受託サービス

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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